关于公司以卫生不合格为由进行罚款的合理性问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，我们可以明确一点：罚款作为行政处罚手段，公司作为非行政机关，本质上并不具备法律直接赋予的罚款权力。不过，问题的合理性还需结合具体情况来深入探讨。
一、不合理罚款的情况
法律层面缺乏依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政机关的专属权力。公司若自行设定并执行罚款制度，从严格法律意义上讲，是对员工权益的侵犯。
规章制度制定或执行不合法：
- 制定程序不合法：依据《劳动合同法》，涉及劳动者切身利益的规章制度，如卫生管理规定，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若未经此民主程序，则规定不具有合法性。
- 未公示告知：规章制度即使经过民主程序制定，也需向劳动者公示或告知。若公司未以合理方式（如发放员工手册、组织培训）让员工知晓，该规章制度对员工不发生效力。
罚款影响员工基本权益：
- 扣罚后员工工资不得低于当地最低工资标准，且不得严重影响员工的基本生活。若罚款导致员工收入大幅下降，甚至无法维持基本生活，则罚款行为显然不合理。
二、可能合理的情况（但需谨慎处理）
本质为扣减绩效工资：
- 若公司将卫生情况纳入绩效考核体系，并明确规定了卫生标准及其与绩效工资的关联方式，同时确保考核过程公开、透明、合理，则因卫生不合格而扣减相应的绩效工资，可被视为一种合理的管理手段。但前提是公司在劳动合同或规章制度中有明确的约定，并且遵循公平、公正的原则。
因员工过错导致公司损失的赔偿：
- 若员工因卫生不合格给公司造成实际损失（如被相关部门处罚、客户投诉导致经济损失等），公司可根据《工资支付暂行规定》第十六条要求员工赔偿经济损失。但赔偿需有限度，每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、员工应对建议
了解公司规章制度：
- 员工应首先了解公司关于卫生管理的规章制度，包括卫生标准、扣罚规定等，确保自己的行为符合公司要求。
沟通协商：
- 若员工认为公司的罚款行为不合理，可首先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱依据和理由，并寻求合理的解决方案。
举报与仲裁：
- 若协商不成，员工可向劳动行政部门举报或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在举报或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如工资条、扣罚通知等。
法律诉讼：
- 对仲裁结果不满意时，员工可在拿到仲裁书后15天内向法院起诉，通过法律途径解决争议。
综上所述，公司以卫生不合格为由进行罚款的合理性取决于多个因素的综合考量。公司应确保自身行为的合法性和合规性，同时尊重和保护员工的合法权益。员工在面对此类问题时，也应了解自己的权利，并积极通过合法途径维护自己的合法权益。