迟到1分钟扣3元是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度角度：

   • 如果公司有明确的规章制度，规定员工迟到将扣除一定金额的工资，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、公示或告知员工，那么公司按照规章制度扣除工资，在程序上可能是合法的。但即便如此，扣除的金额也应当合理，不能过分高于员工因迟到给公司造成的实际损失。
   • 若规章制度未经民主程序制定或未公示/告知员工，则该规章制度对员工不具有约束力，公司以此为由扣除工资可能违法。

2. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意克扣劳动者工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。
   • 迟到1分钟扣3元，如果这种扣除方式导致员工工资低于当地最低工资标准，或者扣除的金额明显不合理（如远高于员工因迟到可能给公司造成的损失），则可能构成违法。因为这种情况下，扣除工资已经超出了合理范围，侵犯了劳动者的合法权益。

3. 实际操作建议：

   • 对于员工而言，如果认为公司扣除工资的行为违法，可以先与公司协商解决，要求公司说明扣除工资的依据和合理性。
   • 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
   • 对于公司而言，应当制定合理、合法的规章制度，并确保规章制度的制定程序合法、内容合理。在扣除员工工资时，应当确保扣除的金额与员工因违规行为给公司造成的实际损失相当，避免侵犯员工的合法权益。

举例说明：假设某员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果该员工迟到1分钟，公司扣除3元工资，且该扣除行为符合公司规章制度（规章制度已民主程序制定并公示/告知员工），且扣除后员工工资仍高于最低工资标准，那么这种扣除行为可能是合法的。但如果公司规章制度未经民主程序制定或未公示/告知员工，或者扣除后员工工资低于最低工资标准，那么这种扣除行为就是违法的。

总结：迟到1分钟扣3元是否违法，取决于公司规章制度是否合法、扣除金额是否合理以及是否违反了相关法律法规。如果员工对此有疑问或认为公司行为违法，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。