工厂外包工人的工资发放主体通常依据外包协议的具体约定来确定，主要存在以下两种情况：
由外包公司（劳务公司）发放：
- 在常见的劳务外包模式中，外包工与外包公司签订劳动合同，建立劳动关系。因此，外包公司负责按照劳动合同约定计算并发放工资给外包工。这是最为普遍的情况，外包公司从用工单位获取项目费用后，会依法履行代扣代缴个人所得税等义务，并确保工资发放符合法律法规的相关规定，如不得低于当地最低工资标准。
由用工单位直接发放（特殊约定情况）：
- 根据外包合同的特殊约定，用工单位也可能直接对外包工发放工资。但这种情况相对较少，且合同中应明确详细的工资发放标准、时间等具体事项，以确保准确性和及时性。用工单位在直接发放工资时应谨慎操作，避免被认定为劳务派遣关系，从而影响劳动关系的认定。
在工资发放过程中，外包公司和用工单位应各自履行相应的义务和责任：
- 资金来源：通常情况下，用工单位将款项支付给外包公司，作为服务费用的一部分。
- 发放流程：外包公司根据外包工的出勤情况、工作表现等因素进行工资核算，并负责将工资发放给外包工。
- 代扣代缴：外包公司需依法履行代扣代缴个人所得税的义务。
- 审查与监督：用工单位可以对劳务外包工的工资发放情况进行审查，以确保其合规性，但不应直接参与管理外包工的工资发放过程。
如果发生工资发放方面的纠纷，外包工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
- 协商：首先尝试与相关单位（外包公司或用工单位）进行协商解决。
- 投诉：向当地的劳动监察部门进行投诉，请求其介入调查并处理。
- 劳动仲裁：如协商和投诉均无法解决问题，外包工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
作为韩从丰律师，我建议：
- 对于外包工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，明确工资发放主体、标准、时间等关键信息，以保障自己的合法权益。
- 对于用工单位和外包公司而言，应严格遵守相关法律法规，确保工资发放的合规性，避免引发不必要的法律纠纷。
如有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，欢迎直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的法律解答。