核心结论：在政府出让的建设用地上合作建房，若未经过国土部门审批，相关合同可能面临无效风险，且可能引发行政处罚及民事纠纷，需根据具体情况采取补救措施或承担相应法律后果。以下从法律定性、法律后果、补救措施三个角度展开分析：

1. 法律定性：合同效力可能存在瑕疵

根据《中华人民共和国民法典》第153条及《中华人民共和国城市房地产管理法》第38条、第39条，合作建房合同若未履行国土部门审批程序，可能因违反法律强制性规定而被认定为无效或部分无效。具体而言：

• 土地使用权转让限制：政府出让的建设用地使用权转让需满足“已投资开发总额占25%以上”等条件（《城市房地产管理法》第39条），若未达到条件即通过合作建房变相转让土地使用权，可能被认定为无效。
• 规划审批要求：合作建房涉及建筑物建设，需取得建设工程规划许可证（《城乡规划法》第40条），未取得许可的，合同中关于建设行为的条款可能无效。
• 审批程序瑕疵：若合同未明确约定审批义务分配，或一方未履行报批义务，可能因“未生效合同”规则（《民法典》第5百零二条）导致合同效力待定。

2. 法律后果：行政处罚与民事纠纷风险并存

• 行政处罚：国土部门可能依据《土地管理法》第77条、第82条，对非法转让土地使用权的行为处以没收违法所得、罚款等处罚；城乡规划部门可能依据《城乡规划法》第64条，对未取得规划许可的建设行为责令停止建设、限期拆除或没收实物。
• 民事纠纷：
  • 合同无效后果：若合同被认定无效，双方需返还财产或折价补偿（《民法典》第157条），过错方可能需赔偿对方损失。
  • 投资损失分担：合作方可能因土地价值增值、建设成本投入等问题产生争议，需根据过错程度分担损失。
  • 产权归属争议：若房屋已建成但未办理产权登记，可能因合同无效导致产权归属不明，引发确权诉讼。

3. 补救措施与风险防范建议

• 补办审批手续：若项目符合规划条件，可尽快向国土、规划部门申请补办土地使用权转让、建设工程规划许可等手续，使合同效力“补正”。
• 合同条款调整：在合同中明确约定审批义务分配、违约责任及救济方式，例如约定“一方未履行报批义务导致合同无效的，需赔偿对方全部损失”。
• 风险隔离设计：通过“土地使用权作价入股+合作开发”模式替代直接合作建房，降低土地使用权转让的合规风险。
• 行政争议解决：若已受到行政处罚，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需注意诉讼时效（通常为6个月）。

行动建议：若您已签订此类合同，建议立即委托律师对合同效力、审批可行性进行法律评估，并根据评估结果选择补救方案或终止合作。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作路径。