结论：海关稽查部门在配合调查工作时，如果认为所询问内容与本案件无关，一般不可以直接拒绝回答，但有权要求调查人员说明询问的合理性和必要性，并在法律框架内保护自身合法权益。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律义务与配合调查：

   • 海关稽查部门作为行政机关的一部分，在接到调查通知时，有义务配合相关部门的调查工作。这是基于行政机关之间的协作原则以及行政效率的考虑。
   • 配合调查并不意味着必须无条件回答所有问题。如果稽查部门认为所询问内容与案件无关，可以提出异议，但不应直接拒绝回答，以免影响调查工作的正常进行。

2. 询问的合理性与必要性：

   • 调查人员在询问时，应当说明询问的合理性和必要性。如果稽查部门认为询问内容与案件无关，可以要求调查人员提供进一步的解释或证据，以证明询问的合理性。
   • 如果调查人员无法提供合理的解释或证据，稽查部门有权在法律框架内保护自身合法权益，避免不必要的干扰和负担。

3. 法律保护与救济途径：

   • 如果稽查部门认为调查人员的询问行为违法或不当，可以依法向相关部门提出申诉或投诉，寻求法律保护。
   • 在申诉或投诉过程中，稽查部门应提供充分的证据和理由，以支持其主张。同时，也应积极配合相关部门的调查和处理工作。

4. 实际操作建议：

   • 在面对调查询问时，稽查部门应保持冷静和理性，不要直接拒绝回答或产生冲突。可以先要求调查人员说明询问的合理性和必要性，再根据情况决定是否回答。
   • 如果稽查部门认为询问内容确实与案件无关，且调查人员无法提供合理的解释或证据，可以记录询问情况，并在事后向相关部门反映或投诉。
   • 在整个过程中，稽查部门应保留好相关证据和记录，以备不时之需。

后续行动建议：如果您作为海关稽查部门的工作人员，在配合调查工作时遇到类似情况，建议先与调查人员进行沟通，说明您的疑虑和理由。如果沟通无果，您可以向上级部门或相关法律机构寻求帮助和支持。同时，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。