公司存在扣工资情况，通过劳动仲裁主张补偿金时，补偿金的计算需根据具体违法情形确定，常见情形及计算方式如下：

1. 公司克扣或无故拖欠工资
   根据《劳动合同法》第85条，若公司存在“未及时足额支付劳动报酬”的情形，劳动行政部门可责令限期支付；逾期不支付的，需按应付金额的50%-100%向劳动者加付赔偿金。
   计算逻辑：

   • 补偿金基数=被克扣/拖欠的工资总额
     
   • 补偿比例=50%-100%（具体比例由劳动仲裁委根据公司过错程度、拖欠时间等因素裁量）
     示例：若公司拖欠工资2万元，仲裁委可能裁决公司支付工资2万元+赔偿金1万元（按50%计算）。

2. 公司以违法理由扣减工资（如未完成业绩、违反非核心制度等）
   若公司扣减工资的理由不符合法律规定（如未与劳动者协商一致、扣减比例超过法定限额等），属于“未足额支付劳动报酬”，劳动者可主张：

   • 补发被扣工资：要求公司全额支付被违法扣减的金额；
     
   • 经济补偿金：若劳动者以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，还可依据《劳动合同法》第38条、第46条主张N个月工资的经济补偿金（N为工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     示例：劳动者工作3年，月工资1万元，公司违法扣减工资5000元。劳动者可主张：补发5000元+解除合同的经济补偿金3万元（3×1万）。

3. 公司扣减工资违反最低工资标准
   若公司扣减后实发工资低于当地最低工资标准，劳动者可主张：

   • 补足差额：要求公司支付低于最低工资标准的部分；
     
   • 加付赔偿金：根据《劳动合同法》第85条，劳动行政部门可责令公司按差额的50%-100%加付赔偿金（需以劳动行政部门责令限期支付为前提）。
     示例：当地最低工资为2000元/月，公司实发1500元，差额500元。劳动者可主张补足500元+赔偿金250-500元（按50%-100%计算）。

操作建议：

1. 收集证据：保留工资条、银行流水、扣款通知、劳动合同等证明公司扣减工资及具体金额的证据；
   
2. 明确诉求：在仲裁申请中写明要求公司支付的金额（如补发工资、赔偿金、经济补偿金等）及计算依据；
   
3. 及时行动：劳动争议仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快申请仲裁。
   

若对具体计算或程序有疑问，可进一步向我咨询，我会结合您的实际情况详细解答。