在工人发生交通事故后，关于工厂的保险是否还能进行赔偿的问题，这主要取决于事故是否构成工伤以及具体的赔偿项目和标准。以下是对此问题的详细解答：
一、交通事故与工伤的认定
首先，需要明确的是，如果工人在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，或者在工作时间、工作场所内因工作原因发生交通事故，这些情况通常会被认定为工伤。工伤的认定是享受工伤保险待遇的前提。
二、工伤保险与交通事故赔偿的关系
双重赔偿原则：
- 在工伤且交通事故的情况下，员工通常有权获得双重赔偿。这意味着，除了可以从交通事故的侵权人（或其保险公司）处获得赔偿外，员工还可以享受工伤保险待遇。
- 双重赔偿的原则基于工伤保险和交通事故赔偿在性质、目的上的不同。工伤保险是对职工因工作原因受伤的一种法定保障，而交通事故赔偿则是基于侵权责任。
医疗费用的处理：
- 对于医疗费用，通常遵循“填平原则”，即不允许重复赔偿。如果交通事故的赔偿已经覆盖了医疗费用，那么工伤保险基金通常不再支付这部分费用。但如果交通事故的赔偿不足，工伤保险基金会补足差额。
其他赔偿项目的处理：
- 对于其他赔偿项目，如伤残赔偿金、误工费、护理费等，员工可以同时主张，不受交通事故赔偿的影响。例如，员工在交通事故中获得伤残赔偿金后，仍可以根据工伤认定结果享受工伤保险的伤残待遇，包括一次性伤残补助金、伤残津贴等。
三、工厂的责任与保险赔偿
已缴纳工伤保险的情况：
- 如果工厂已经为员工缴纳了工伤保险，那么部分工伤赔偿费用将由工伤保险基金支付。但工厂仍需承担部分责任，如停工留薪期工资、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等（具体根据当地规定）。
未缴纳工伤保险的情况：
- 如果工厂未为员工缴纳工伤保险，那么所有工伤赔偿费用将由工厂全额承担。这包括医疗费、停工留薪期工资、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等。
四、建议与操作
- 在处理交通事故与工伤赔偿的交织问题时，建议员工及时咨询专业律师或当地劳动保障部门，以便准确理解自身权益和制定合适的维权策略。
- 工厂应加强工伤保险的缴纳和管理，以降低潜在的法律风险和经济负担。同时，在员工发生工伤时，应积极配合员工进行工伤认定和赔偿申请工作。
综上所述，交通事故中的保险公司赔付并不影响工伤赔偿的依法主张。工厂应根据实际情况和当地法律法规承担相应的赔偿责任，确保员工的合法权益得到保障。