结论：在公司工作了11年但劳动仲裁时公司否认劳动关系，您不必过于担心，可以通过收集证据来证明劳动关系的存在，并依法进行劳动仲裁或诉讼。
分析说明：
劳动关系证明：
- 尽管公司否认劳动关系，但您可以通过收集一系列证据来证明您与公司之间确实存在劳动关系。这些证据包括但不限于：工资条、银行转账记录（显示公司账户向您支付工资）、工作证、工作服、考勤记录、同事证言、与公司往来的邮件或聊天记录等。
- 特别是如果您能提供连续11年的工资支付记录或社保缴纳记录，这将是非常有力的证据，因为这些记录通常能直接反映您与公司之间的长期劳动关系。
劳动仲裁流程：
- 在收集到足够证据后，您可以向当地劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁申请。在申请中，您需要详细陈述事实、提供证据，并明确您的仲裁请求（如确认劳动关系、要求公司支付未签劳动合同的双倍工资、经济补偿金等）。
- 劳动争议仲裁委员会在受理申请后，会安排开庭审理，并根据双方提供的证据和陈述作出裁决。如果公司不服裁决，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
法律后果与应对：
- 如果劳动仲裁委员会或人民法院最终确认您与公司之间存在劳动关系，那么公司就需要承担相应的法律责任，包括支付您应得的工资、加班费、经济补偿金等。
- 如果公司仍然拒绝履行裁决或判决，您可以向人民法院申请强制执行，法院将依法采取强制措施来保障您的合法权益。
行动建议：
- 收集证据：立即开始收集所有能证明您与公司之间存在劳动关系的证据，确保证据的完整性和真实性。
- 咨询专业律师：虽然我可以为您提供法律咨询，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您在收集证据的同时，也咨询一位专业律师，以便更准确地了解您的法律权益和可能的诉讼策略。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助和指导。
- 提起劳动仲裁：在证据充分且咨询过专业律师后，您可以向当地劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁申请，依法维护自己的合法权益。
特殊场景提醒：
- 如果您在收集证据过程中遇到困难，比如公司拒绝提供工资条或考勤记录等，您可以向劳动监察部门投诉，要求公司配合提供相关证据。
- 如果公司存在恶意否认劳动关系以逃避法律责任的行为，您还可以考虑向劳动行政部门举报，要求对公司进行行政处罚。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第七条：用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。