关于车间员工5S标准罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体的法律法规和实际情况来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：

首先，我们需要明确的是，罚款作为一种行政处罚手段，其合法性必须建立在明确的法律依据之上。在劳动法律关系中，用人单位对员工的罚款通常需要基于特定的法律法规授权，或者是在劳动合同、集体合同、企业规章制度中有明确约定，并且这些约定不得违反法律法规的强制性规定。

1. 法律法规依据：

   • 目前，我国并没有一部专门的法律明确规定用人单位可以对员工因违反5S标准而进行罚款。5S管理（整理、整顿、清扫、清洁、素养）更多是企业内部的一种管理方式，用于提升工作效率和工作环境质量。
   • 如果用人单位要对员工进行罚款，必须确保这种罚款行为有明确的法律法规依据，或者是在劳动合同、企业规章制度中得到了员工的明确同意，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定。

2. 劳动合同与企业规章制度：

   • 即使劳动合同或企业规章制度中规定了因违反5S标准可以罚款，也需要确保这些规定是合法、合理且经过民主程序制定的。
   • 罚款的数额和方式也应当合理，不能过分苛刻或侵犯员工的合法权益。例如，罚款数额不应过高，以免对员工造成过大的经济负担；罚款方式应公开透明，确保员工知晓并理解。

3. 合法性与合理性的平衡：

   • 即使存在罚款的规定，用人单位在实施罚款时也应遵循合法性与合理性的平衡原则。罚款应作为最后手段，且应与员工的违规行为程度相适应。
   • 用人单位应优先考虑通过教育、培训、警告等方式来纠正员工的行为，而不是直接采取罚款措施。

4. 法律后果：

   • 如果用人单位未经法律法规授权或未经员工同意，擅自对员工进行罚款，可能面临法律风险。员工有权向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还罚款并可能获得赔偿。
   • 在极端情况下，如果用人单位的罚款行为构成强迫劳动或侵犯员工人身自由等违法行为，还可能面临更严重的法律后果，包括行政处罚和刑事责任。

结论与建议：

• 车间员工因违反5S标准而被罚款的合法性取决于具体的法律法规依据、劳动合同或企业规章制度的规定以及罚款的合理性和合法性。
• 作为用人单位，应谨慎对待罚款措施，确保有明确的法律依据或合同约定，并遵循合法性与合理性的平衡原则。
• 作为员工，如果认为用人单位的罚款行为不合法或不合理，有权向相关部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。