公司以6S管理为由进行罚款是否合法，需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若罚款属于公司规章制度范畴且符合法定程序，则可能合法
   根据《劳动合同法》第四条，公司可依法制定规章制度，但需满足两个条件：

   • 民主程序：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定；
     
   • 公示程序：规章制度需向员工公示或告知（如培训、签字确认等）。
     若公司6S罚款规定符合上述程序，且罚款金额未超过当地工资支付条例规定的比例（如《广东省劳动保障监察条例》规定每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%），则可能被认定为合法。

2. 若罚款缺乏制度依据或违反法定限制，则不合法

   • 无制度依据：若公司未通过民主程序制定6S罚款规则，或未向员工公示，则罚款缺乏合法性基础；
     
   • 超额罚款：若罚款金额超过法定比例（如单次罚款超过月工资20%），或以罚款替代工资（如将罚款直接从工资中扣除且未书面约定），则违反《工资支付暂行规定》第十六条；
     
   • 变相体罚：若6S管理要求涉及侮辱性、体罚性措施（如强制罚站、扣减基本生活费），则可能侵犯员工人格权或劳动权，构成违法。

3. 特殊情形：行政处罚与民事赔偿的区分

   • 行政处罚权：根据《行政处罚法》，只有行政机关（如劳动监察部门）有权对违法行为进行罚款，公司无权行使行政处罚权；
     
   • 民事赔偿权：若员工因故意或重大过失造成公司财产损失（如损坏设备、浪费材料），公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求赔偿，但需满足三个条件：
     
     • 损失由员工个人行为导致；
       
     • 公司能证明损失金额；
       
     • 每月扣除部分不超过工资20%，且扣除后工资不低于当地最低工资标准。

建议：

• 若公司罚款合法，员工需遵守制度；若认为不合理，可通过工会协商或申请劳动仲裁主张权益；
  
• 若公司罚款违法，员工可向劳动监察部门投诉（电话12333），或申请劳动仲裁要求返还罚款、赔偿损失；
  
• 公司应完善6S管理制度，明确奖惩标准、程序及限额，避免法律风险。
  

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。