结论：厂里以5S考核为由扣分并罚款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若罚款属于企业规章制度中的合法处罚措施，且符合法定程序，则可能合法
   根据《劳动合同法》第四条，企业可依法制定规章制度，对员工进行管理。若5S考核罚款属于企业规章制度中明确规定的处罚措施（如“未达标扣绩效分，每分对应一定金额”），且该制度经过民主程序（如职工代表大会讨论）制定、已公示或告知员工，且罚款金额未超过当地工资支付规定中的合理限度（如单次不超过月工资20%），则可能被认定为合法。
   法律依据：《劳动合同法》第四条、国务院《工资支付暂行规定》第十六条（允许企业因员工过错扣减工资，但需保留必要生活费）。

2. 若罚款缺乏制度依据、程序违法或金额超标，则不合法

   • 无制度依据：若企业未在规章制度中明确5S考核与罚款的关联，或未公示制度，直接以“考核不达标”为由罚款，属于违法。
     
   • 程序违法：若制度制定未经过民主程序（如未征求员工意见），或未向员工公示，罚款无效。
     
   • 金额超标：若单次罚款超过月工资20%，或扣除后工资低于当地最低工资标准，属于违法。
     法律依据：《劳动合同法》第三十八条（员工可因企业违法制度解除合同并索赔）、第四条（制度需民主程序+公示）。

3. 若罚款实为“变相克扣工资”，则绝对违法
   若企业以5S考核为名，将罚款作为常规管理手段（如每月固定扣款），或罚款与员工实际过错无关（如“全员扣分”），可能被认定为“克扣工资”。根据《劳动法》第五十条，工资必须全额支付，企业不得随意克扣。
   法律依据：《劳动法》第五十条、《工资支付暂行规定》第十五条（仅允许代扣社保、个税等法定项目）。

建议：

• 若企业罚款合法，员工需遵守制度，但可要求企业出示制度依据、公示记录及扣款明细；
  
• 若企业罚款违法，员工可向劳动监察部门投诉（12333），或申请劳动仲裁要求返还罚款、赔偿损失；
  
• 企业应避免将罚款作为主要管理手段，可通过绩效奖励、培训等方式引导员工改善5S，降低法律风险。
  

如有具体案例（如罚款金额、制度内容），可进一步向我咨询，我会结合细节分析合法性。