结论：合同工资与实发基础工资不一致是否违法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同工资3500元为双方约定的全部工资，而实发基础工资仅为2000元，且没有其他合法合理的工资组成部分（如奖金、津贴、补贴等）来补足差额：

   • 法律分析：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果合同中明确约定了工资数额，用人单位未足额支付，则构成违法。
   • 建议：劳动者可以与用人单位协商，要求补足工资差额；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 若合同工资3500元为基本工资与奖金、津贴等总和，而实发基础工资2000元仅为基本工资部分，其他部分以奖金、津贴等形式发放：

   • 法律分析：在这种情况下，如果用人单位能够证明其他部分的工资（如奖金、津贴等）是按照合同约定或公司规章制度发放的，且劳动者已经实际收到或应当收到这些工资，则不构成违法。因为合同工资可以是一个总和，包括基本工资和各类奖金、津贴等。
   • 建议：劳动者应仔细审查劳动合同和公司规章制度，了解工资的构成和发放方式。如果用人单位未按照约定发放奖金、津贴等，劳动者同样可以与用人单位协商或采取法律手段维护自己的权益。

3. 若合同中未明确约定工资的具体构成，仅约定了总额3500元，而实发基础工资2000元：

   • 法律分析：这种情况下，如果用人单位无法合理解释工资差额的去向，或者无法提供证据证明其他部分的工资已经以某种形式发放给劳动者，那么用人单位可能构成未足额支付劳动报酬的违法行为。
   • 建议：劳动者可以要求用人单位提供工资发放的明细和依据，如果用人单位无法提供或提供的依据不充分，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

额外提醒：

• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、工作时间、休息休假等关键条款，确保自己的权益得到充分保障。
• 如果遇到用人单位未足额支付工资的情况，劳动者应保留好相关证据（如工资条、银行转账记录等），以便在协商或法律程序中证明自己的主张。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。