结论：土地承包合同未通知乙方签字，但乙方仍在耕种的情况下，确实可能存在纠纷。具体纠纷的性质和解决方式，需根据实际情况来判断。以下从几个方面进行详细分析：

1. 合同效力问题：

   • 未签字合同的效力：根据一般的合同原则，合同需要双方当事人的签字或盖章才能生效。如果土地承包合同未通知乙方签字，那么从形式上看，这份合同可能并未成立或生效。但乙方实际在耕种，这可能构成对合同实际履行的认可，不过，这并不意味着合同在法律上就完全有效，因为缺乏乙方的正式签字可能影响合同的完整性和法律效力。
   • 实际履行与合同成立：尽管乙方在耕种，但如果合同本身存在瑕疵（如未签字），在发生纠纷时，乙方可能会主张合同无效或要求重新协商合同条款。

2. 乙方权益保护：

   • 耕种行为的法律意义：乙方在耕种土地，表明其实际在行使土地的使用权。然而，如果合同未正式签字，乙方的权益可能缺乏法律上的明确保障。在发生纠纷时，乙方可能需要证明其耕种行为的合法性，以及基于何种依据在耕种。
   • 主张权益的途径：乙方可以通过与甲方协商，要求补签合同或确认合同效力；如果协商不成，乙方也可以考虑通过法律途径，如起诉或申请仲裁，来维护自己的权益。

3. 可能存在的纠纷类型：

   • 合同纠纷：关于合同的成立、效力、履行等可能产生争议。例如，甲方可能主张合同已成立且有效，要求乙方按照合同约定履行义务；而乙方则可能主张合同未成立或无效，拒绝履行或要求重新协商。
   • 土地使用权纠纷：如果合同未明确约定土地使用权，或者约定存在模糊之处，双方可能对土地的使用权产生争议。乙方可能主张其基于耕种行为已获得土地使用权，而甲方则可能主张其仍保留土地使用权。

4. 法律建议：

   • 补签合同：为了避免潜在的纠纷，双方应尽快补签土地承包合同，明确双方的权利和义务。
   • 保留证据：乙方应保留好耕种土地的相关证据，如耕种记录、投入成本等，以备在发生纠纷时证明自己的权益。
   • 寻求法律帮助：如果双方无法协商解决纠纷，或者对合同效力、土地使用权等问题存在争议，建议寻求专业的法律帮助，通过法律途径解决纠纷。

后续行动建议：如果您或甲方对土地承包合同的效力、土地使用权等问题存在争议，或者想要了解如何补签合同、保留证据等具体操作，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和解决方案。