结论：劳动合同中约定工资包含竞业补偿金在大多数情况下是不合法的，但在特定条件下，如果双方有明确且合理的约定，也可能被认定为合法。不过，从法律性质、规定及实践操作角度考虑，建议用人单位将竞业限制补偿独立于工资支付。

详细分析：

1. 法律性质与区别：

   • 工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资这6个部分组成。它属于劳动者在职期间因工作付出而获得的收益。
   • 竞业限制补偿金则是用人单位因限制劳动者离职后的就业范围而对劳动者作出的经济补偿。其支付前提是劳动者在离职后不从事与用人单位相竞争的业务，具有特定的法律意义和目的。

2. 法律法规依据：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条明确规定，用人单位可以在劳动合同或保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并在解除或终止劳动合同后，按月给予劳动者经济补偿。这强调了竞业限制补偿金的独立性，并未允许将其包含在工资中。
   • 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十六条也侧面体现了竞业限制补偿应独立于工资发放的精神。它规定，如果未约定解除或终止劳动合同后的经济补偿，劳动者履行了竞业限制义务后，有权要求用人单位按照一定标准支付经济补偿。

3. 司法实践考量：

   • 多数司法判例倾向于认为，将竞业限制补偿混在工资里发放会损害劳动者权益，因为两者性质不同，且可能导致劳动者在职期间实际领取的工资组成不清晰。
   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同或竞业限制协议中明确约定工资中包含竞业限制补偿，并满足以下条件，有可能被认定为合法：协议中要清晰说明工资的构成部分及竞业限制补偿的具体数额和计算方式；所包含的竞业限制补偿数额应合理，不低于法定标准或行业通行标准。但这种情况在实践中较为少见，且存在争议。

4. 实践操作建议：

   • 为避免劳动争议和法律风险，用人单位应当严格按照法律规定和合同约定，在竞业限制期限内按月向劳动者支付独立的竞业限制补偿金。
   • 劳动者如认为用人单位将竞业限制补偿不合理地包含在工资中，可与用人单位协商解决；协商不成时，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。

综合建议：

从法律性质、规定及实践操作角度考虑，建议用人单位和劳动者在签订劳动合同时，明确将竞业限制补偿金与工资分开支付。这样既能确保双方权益的清晰与明确，又能避免潜在的劳动争议和法律风险。如果用人单位确实希望将竞业限制补偿金包含在工资中，必须确保协议中明确、清晰地划分工资和竞业限制补偿金的具体金额、各自的性质和支付方式，并且竞业限制补偿金的标准需符合法律规定或行业惯例。不过，即便如此，这种做法仍然存在被认定为无效的风险，因此需谨慎对待。

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