在农村宅基地上建二层房屋是否合法，主要取决于是否符合当地的规划要求以及是否履行了相应的审批手续。以下从几个方面进行详细分析：
规划要求：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条，农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
- 这意味着，在宅基地上建房，包括建二层，必须首先符合当地的土地利用总体规划和村庄规划。如果规划中明确规定了宅基地上建房的层数限制，那么就必须遵守这一限制。
审批手续：
- 同样根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条，农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
- 这表明，在宅基地上建房，包括建二层，必须经过乡（镇）人民政府的审核批准。未经批准擅自建房，即使符合规划要求，也是违法的。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，除了符合规划和办理审批手续外，还需要注意建房的质量和安全。建二层房屋相比建一层房屋，对建筑质量和安全的要求更高，因此必须确保施工队伍具备相应的资质和经验。
- 另外，如果宅基地的面积有限，建二层房屋可能会影响到邻居的采光、通风等权益，因此在建房前最好与邻居进行沟通协商，避免引发纠纷。
法律后果：
- 如果未经批准擅自建房或者违反规划要求建房，可能会面临被责令拆除、罚款等法律后果。因此，在决定建房前，一定要先了解清楚当地的规划和审批要求，并严格按照要求进行操作。
建议：
- 在决定在宅基地上建二层房屋前，先咨询当地的乡（镇）人民政府或者土地管理部门，了解清楚当地的规划和审批要求。
- 确保施工队伍具备相应的资质和经验，保证建房的质量和安全。
- 与邻居进行沟通协商，避免因为建房而引发纠纷。
如果有任何关于农村宅基地建房的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。