结论：公司因股东纠纷，一方扣发另一方工资的行为，一般是不合法的。下面我将从多个角度详细分析这一问题。

一、股东纠纷与工资发放的法律关系

股东纠纷是公司内部股东之间的权益争议，它主要涉及公司治理、股权分配、决策权等方面。而工资发放则是公司与员工之间的劳动法律关系，它受到《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的严格规范。股东纠纷与工资发放是两个独立的法律关系，股东纠纷不能成为扣发工资的理由。

二、扣发工资的合法性分析

1. 违反劳动合同：

   • 根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。扣发工资违反了劳动合同的约定，也损害了劳动者的合法权益。

2. 侵犯劳动者权益：

   • 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，是劳动者生活的主要来源。扣发工资不仅侵犯了劳动者的财产权，还可能影响劳动者的生活质量和家庭稳定。

3. 可能承担法律责任：

   • 如果公司因股东纠纷而扣发工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。公司还可能因此面临行政处罚或民事诉讼的风险。

三、特殊情况下的处理

虽然一般情况下扣发工资是不合法的，但在某些特殊情况下，如劳动者存在严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失等情形，公司可能依据相关法律法规和劳动合同的约定，对劳动者进行一定的经济处罚或扣发部分工资。然而，这种情况下的扣发必须严格遵循法定程序和条件，且不能超出合理范围。在股东纠纷的情境下，这些特殊情况并不适用，因为股东纠纷与劳动者的个人行为无关。

四、建议与措施

1. 协商解决：

   • 如果公司因股东纠纷而面临工资发放问题，建议股东之间首先通过协商解决纠纷，确保公司的正常运营和劳动者的合法权益不受损害。

2. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，公司或劳动者可以寻求法律援助，通过法律途径解决纠纷。劳动者可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资；公司也可以咨询专业律师，了解如何合法合规地处理股东纠纷和工资发放问题。

3. 完善公司治理结构：

   • 为了避免类似纠纷的再次发生，公司应完善治理结构，明确股东之间的权益和责任，建立健全的决策机制和监督机制。同时，公司还应加强与劳动者的沟通和交流，确保劳动者的合法权益得到充分保障。

总结：公司因股东纠纷扣发另一方工资的行为一般是不合法的。股东纠纷与工资发放是两个独立的法律关系，不能相互混淆。如果公司面临此类问题，建议通过协商、法律援助等方式解决纠纷，并完善公司治理结构以避免类似问题的再次发生。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。