结论：公司通过第三方公司代发工资但拒绝支付仲裁赔偿的工资和赔偿，您可以通过申请强制执行来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与依据
在劳动仲裁中，如果仲裁裁决已经生效，而公司拒绝履行支付义务，您有权向人民法院申请强制执行。这是基于《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，该法明确了劳动仲裁裁决的效力和执行程序。
二、具体操作步骤
确认仲裁裁决的生效：
- 首先，您需要确认劳动仲裁裁决是否已经生效。通常，仲裁裁决会在作出之日起一定期限内（如十五日）内，如果双方均未提起诉讼，则裁决生效。
准备强制执行申请材料：
- 仲裁裁决书原件及复印件；
- 您的身份证明（如身份证）原件及复印件；
- 如果委托他人代为申请，还需提供授权委托书及受托人的身份证明；
- 其他可能需要的材料，如公司财产线索等（有助于法院快速执行）。
向法院提交强制执行申请：
- 您应向有管辖权的人民法院（通常是公司所在地或仲裁裁决作出地的基层人民法院）提交强制执行申请。
- 法院在收到申请后，会进行审查，并在一定期限内决定是否受理。
法院执行程序：
- 如果法院受理了您的强制执行申请，它会向公司发出执行通知书，要求其在一定期限内履行支付义务。
- 如果公司仍拒绝履行，法院可以采取多种执行措施，如查封、扣押、拍卖公司财产等，以强制公司履行支付义务。
三、可能遇到的法律后果与应对策略
公司无财产可供执行：
- 如果公司确实没有财产可供执行，法院可能会裁定终结本次执行程序。但这并不意味着您的权益无法得到保障，因为一旦公司有新的财产线索出现，您可以随时向法院申请恢复执行。
- 在此情况下，您可以考虑通过其他途径追讨欠款，如向法院申请宣告公司破产等。
公司转移财产以逃避执行：
- 如果您发现公司有转移财产以逃避执行的行为，应及时向法院报告，并提供相关证据。
- 法院可以根据情况对公司的相关责任人进行罚款、拘留等处罚，并采取措施追回被转移的财产。
四、建议与提醒
- 保留好所有相关证据：包括仲裁裁决书、工资发放记录、与公司沟通的记录等，这些证据在申请强制执行时非常重要。
- 及时关注执行进展：在提交强制执行申请后，您应定期与法院联系，了解执行进展情况，以便及时采取应对措施。
- 如有需要，寻求专业法律帮助：虽然您可以自行申请强制执行，但在处理复杂法律问题时，寻求专业律师的帮助往往能更有效地维护您的权益。
如果您在处理此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。