工会可以代表员工申请工伤认定，且在申请过程中通常会通知单位。以下是详细说明：

1. 工会申请工伤认定的法律依据与角色
   根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害后，用人单位应在30日内向社保部门提出工伤认定申请；若单位未申请，职工本人、其近亲属或工会组织可在1年内直接申请。工会作为职工权益的代表机构，有权依法为员工申请工伤认定，这是其法定职责之一。

2. 工会申请工伤时是否需通知单位
   工会申请工伤认定时，需向社保部门提交相关材料（如劳动关系证明、医疗诊断证明等），其中可能包含单位信息。社保部门受理申请后，会依法向单位送达《工伤认定举证通知书》，要求单位在规定期限内提交证据或说明情况。因此，单位会通过社保部门的正式程序知悉工伤认定申请。此外，工会出于协商或沟通目的，也可能主动提前通知单位，但法律未强制要求此步骤。

3. 单位不配合时的处理方式
   若单位拒绝配合（如不提供劳动关系证明），工会或员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请劳动仲裁，确认劳动关系后再继续工伤认定流程。社保部门在调查取证时，也可独立调取相关证据（如工资记录、考勤表等），确保认定程序不受单位阻碍。

温馨提示：若您或同事遇到工伤认定问题，可联系单位工会协助申请；若单位或工会未履行职责，建议直接向当地社保部门提交申请，并保留好医疗记录、事故证据等材料。如有复杂情况（如第三方责任、职业病等），可进一步向我咨询具体处理方案。