结论：公务员因违反工作纪律被扣基础绩效工资是否合法，需结合具体情形判断，主要看是否符合法律法规及单位规章制度的规定。以下从不同角度进行分析：

一、法律法规层面

1. 《中华人民共和国公务员法》的相关规定

   • 根据《中华人民共和国公务员法》第八十条，公务员的工资包括基本工资、津贴、补贴和奖金。其中，并未直接提及“基础绩效工资”这一概念，但实践中，许多单位会将工资构成细化为基本工资、绩效工资等。
   • 该法第八十四条同时规定，任何机关不得违反国家规定自行更改公务员工资、福利、保险政策，擅自提高或者降低公务员的工资、福利、保险待遇。任何机关不得扣减或者拖欠公务员的工资。
   • 分析：若单位规章制度或地方性法规明确规定了基础绩效工资的扣减情形，且该规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公务员因违反工作纪律被扣基础绩效工资可能是合法的。但若单位无明确规定或规定违法，则扣减行为可能不合法。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》（虽主要针对企业职工，但提供参考）

   • 虽然《中华人民共和国劳动合同法》主要规范企业与职工之间的劳动关系，但其中关于工资支付、扣减的原则性规定（如不得克扣或无故拖欠劳动者工资）对公务员管理也有一定的参考价值。
   • 分析：即便在公务员管理中，扣减工资也需有合法依据，不能随意进行。

二、单位规章制度层面

1. 单位规章制度的合法性

   • 公务员所在单位通常会制定一系列规章制度，包括考勤管理、绩效考核、奖惩措施等。这些规章制度是单位内部管理的重要依据。
   • 分析：若单位规章制度明确规定了违反工作纪律可以扣减基础绩效工资，且该制度经过合法程序制定并公示，那么公务员因违反工作纪律被扣基础绩效工资是合法的。但若制度未经过合法程序制定或未公示，则可能不具有法律效力。

2. 规章制度的合理性

   • 除了合法性外，单位规章制度的合理性也是判断扣减行为是否合法的重要因素。规章制度应当公平、合理，不得过分苛刻或歧视性对待公务员。
   • 分析：若单位规章制度中关于扣减基础绩效工资的规定过于苛刻或不合理，可能引发公务员的异议和申诉，甚至可能被认定为无效。

三、实际操作层面

1. 扣减程序的合法性

   • 即便单位规章制度规定了扣减基础绩效工资的情形，但在实际操作中，扣减程序也需合法。例如，需经过调查核实、听取公务员陈述申辩、作出书面决定等程序。
   • 分析：若单位在扣减基础绩效工资时未遵循合法程序，可能构成违法扣减，公务员有权提出异议和申诉。

2. 扣减金额的合理性

   • 扣减基础绩效工资的金额也需合理，不得过分高于公务员因违反工作纪律所造成的损失或影响。
   • 分析：若扣减金额过高，可能被视为对公务员的过度惩罚，引发争议和申诉。

建议：

• 对于公务员：若因违反工作纪律被扣基础绩效工资，首先应查阅单位规章制度，了解扣减的依据和程序。若认为扣减行为不合法或不合理，可以向单位提出异议和申诉，或寻求法律援助。
• 对于单位：在制定和执行规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，遵循合法程序进行扣减操作，避免引发争议和法律风险。

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