结论：企业2月氨氮超标已立案处理尚未办结，4月COD又超标的情况，是否单独立案还是算作一个违法行为，需根据具体情况判断，一般可能视为两个独立的违法行为并分别立案处理，但若两次超标存在紧密关联或连续性，也可能被视为同一违法行为的延续或加重，从而合并处理。以下从不同角度进行分析：
一、视为两个独立违法行为的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国环境保护法》及相关水污染防治法规，企业排放污染物超过国家或地方规定的排放标准，即构成违法行为。每次超标排放，无论污染物种类是否相同，均可能被视为独立的违法行为。
实践操作：
- 在环保执法实践中，如果两次超标排放发生在不同的时间点，且没有直接的证据表明两次超标之间存在紧密的关联或连续性，环保部门通常会分别立案处理。这是因为每次超标都可能对环境造成独立的损害，需要分别进行处罚和整改。
法律后果：
- 如果被视为两个独立违法行为，企业将面临两次处罚，包括罚款、责令改正、限制生产或停产整治等。这将对企业的经济利益和声誉造成更大影响。
二、视为同一违法行为延续或加重的情况
特殊情形：
- 如果两次超标排放存在紧密的关联或连续性，例如由于同一设备故障或同一操作不当导致，且企业未及时采取有效措施进行整改，环保部门可能会将两次超标视为同一违法行为的延续或加重。
法律依据与考量：
- 在这种情况下，环保部门会综合考虑违法行为的性质、情节、后果以及企业的整改情况等因素，决定是否合并处理。合并处理可能意味着对企业进行更严厉的处罚，以体现对环境违法行为的零容忍态度。
实践中的挑战：
- 然而，将两次超标视为同一违法行为的延续或加重在实践中可能面临一定的挑战。因为需要证明两次超标之间存在直接的因果关系或连续性，这可能需要深入的调查和专业的技术分析。
三、建议与措施
企业应对：
- 对于企业而言，应立即采取措施停止超标排放，并深入调查超标原因，制定有效的整改方案。同时，加强内部管理，确保类似问题不再发生。
与环保部门沟通：
- 企业应积极与环保部门沟通，说明超标排放的原因、整改措施及进展情况。如果认为两次超标存在紧密关联或连续性，可以提供相关证据和资料，争取环保部门的理解和支持。
法律咨询：
- 在处理此类问题时，企业可以寻求专业律师的法律咨询和帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和策略建议，帮助企业更好地应对环保执法和可能的法律处罚。
最后，企业应高度重视环保合规问题，加强内部管理和外部沟通，确保排放符合国家和地方标准。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。