结论：自离扣三天工资的做法是否合法，需根据具体情况判断。若公司规章制度或劳动合同中有明确规定且不违反法律法规，同时公司能证明因你的自离行为造成了实际损失，那么扣三天工资可能有一定合理性；但若公司无法证明损失或规章制度不合法，则扣工资行为可能违法。

详细分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 首先，要查看公司的规章制度或你与公司签订的劳动合同中是否有关于自离扣工资的明确规定。如果合同或制度中有明确条款，且该条款不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除工资是有一定依据的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项。但约定的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。

2. 公司是否因自离行为遭受实际损失：

   • 即使合同或制度中有相关规定，公司也不能随意扣除工资。公司需要证明因你的自离行为确实造成了实际损失，如因你突然离职导致项目延误、客户流失等，且这些损失与你的自离行为有直接因果关系。
   • 实践操作：在实际操作中，公司往往难以证明这种直接损失，因此扣除工资的行为可能缺乏合理性。

3. 扣除工资的合法性：

   • 如果公司无法证明因你的自离行为造成了实际损失，或者规章制度中的相关条款违反了国家法律法规的强制性规定，那么公司扣除工资的行为就是违法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

4. 应对措施：

   • 如果你认为公司扣除工资的行为违法，可以先与公司进行协商，要求公司补发被扣除的工资。
   • 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 在离职前，最好与公司进行充分沟通，了解离职后的工资结算、社保转移等事宜，避免不必要的纠纷。
• 如果公司确实存在违法行为，不要害怕维权，及时寻求法律帮助，保护自己的合法权益。

后续思考：

• 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资、离职等方面的规定，确保自己的权益得到保障。
• 在日常工作中，也要注意保留相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。

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