结论：关于“自离扣三天工资是怎么扣的”这一问题，实际上国家并未明确规定自离具体扣几天工资，工资的扣除需严格遵循劳动法律法规，不得随意克扣，且必须基于合法合理的理由。以下从多个角度为你详细分析：
一、自离的法律性质与后果
自离，即自动离职，是指劳动者未按照法定程序或劳动合同约定提前通知用人单位而擅自离职的行为。这种行为可能构成违约，若因此给用人单位造成损失，劳动者需承担赔偿责任。但赔偿应基于实际损失，且扣除工资需遵循法定比例和最低工资标准。
二、工资扣除的法律规定
不得克扣工资的原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，即使员工自离，其已提供劳动部分的报酬也不应被剥夺。
可扣除工资的情形：
- 用人单位代扣代缴的个人所得税；
- 用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
- 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
- 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用；
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三、自离时工资的具体扣除方式
已提供劳动部分的工资支付：
- 劳动者自离前已经实际提供了劳动的，用人单位应当按照双方约定或公司规定的工资计算方式，支付相应的劳动报酬。例如，员工在本月工作了若干天后自离，用人单位应支付其实际工作天数的工资，而非直接扣除三天工资。
因自离给单位造成损失的赔偿：
- 若劳动者的自离行为给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致的损失、损坏公司财物等，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。但赔偿金额的计算应合理，且需遵循上述扣除比例和最低工资标准的限制。即使需要赔偿，也不意味着可以随意扣除三天工资，而是应根据实际损失和法律规定进行扣除。
四、实际操作中的建议
了解公司规章制度：
- 大多数公司会在规章制度中明确旷工或自离的扣罚标准。但这些规定必须符合劳动法的相关规定，不能随意剥夺员工的劳动报酬。劳动者在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度。
保留相关证据：
- 若劳动者认为公司扣除的工资不合理或违反了劳动法的规定，应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以便在维权时使用。
通过合法途径维权：
- 如果劳动者对自离后的工资结算有异议，可以通过与公司协商、向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。
示例说明：假设某员工月工资为5000元，因自离给用人单位造成了1000元的损失。根据法律规定，用人单位每月最多只能扣除该员工工资的20%，即1000元（5000元的20%）。但考虑到该员工已提供了部分劳动，用人单位应支付其实际工作天数的工资，并从剩余工资中扣除损失赔偿。若剩余工资扣除赔偿后低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。无论如何，用人单位都不能直接扣除该员工三天工资而不考虑其实际工作情况和损失赔偿的合理性。
综上所述，自离时工资的扣除是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。在实际操作中，用人单位和劳动者都应严格遵守相关法律法规，确保工资的支付与扣除合法、合理、有序进行。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。