自离三天工资是否要扣除，并不是一个绝对的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况来分析。以下是我从法律角度为您详细解析这个问题：

1. 工资支付原则：

   • 根据《工资支付暂行规定》，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，即使员工自离，其已提供劳动部分的报酬原则上不应被剥夺。

2. 经济损失赔偿：

   • 若劳动者自离给用人单位造成了经济损失，如违反保密协议、带走重要业务资料等，用人单位有权要求劳动者承担赔偿责任。在此情况下，用人单位可以从劳动者的工资中扣除赔偿费用，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

3. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 公司规章制度中可能明确规定了旷工或自离的扣罚标准，但这些规定必须符合劳动法的相关规定，不能随意剥夺员工的劳动报酬。
   • 劳动合同中也可能包含关于自离或旷工的特别约定。如果劳动合同中的约定与劳动法相冲突，应以劳动法为准。

4. 实际操作建议：

   • 对于自离员工的工资结算，用人单位应依据员工实际出勤天数和既定的工资计算标准来核算。
   • 如果劳动者对自离后的工资结算有异议，认为公司扣除的金额不合理或违反了劳动法的规定，可以首先与公司的人力资源部门或相关部门进行咨询、协商；如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉；必要时可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，自离三天工资是否要扣除，取决于劳动者自离的具体原因、是否给用人单位造成了经济损失以及公司规章制度和劳动合同的约定。如果劳动者没有给用人单位造成损失，且公司规章制度和劳动合同中没有关于自离扣工资的特别约定，那么用人单位应全额支付劳动者已提供劳动的工资。