结论：员工因盗窃被公司辞退后，公司仍需支付其已工作期间的工资，但可根据具体情况扣除部分作为经济赔偿。
法律背景与依据
工资支付的义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第九条也明确规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，即使员工因盗窃被辞退，其已工作期间的工资仍应得到支付。
经济损失的赔偿：
- 如果员工的盗窃行为给公司造成了经济损失，公司有权要求赔偿。这种赔偿可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
具体分析与建议
公司应支付工资：
- 无论员工是否存在过错，只要其为公司提供了劳动，就有权获得相应的报酬。因此，公司不能因员工盗窃而拒绝支付其已工作期间的工资。
经济损失的扣除：
- 如果公司能够证明员工的盗窃行为给其造成了经济损失，那么公司有权要求员工赔偿。在赔偿方式上，可以从员工的工资中扣除，但必须遵守相关法律法规的规定，如扣除比例不得超过当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
合法合规处理：
- 公司在处理员工盗窃事件时，应确保收集到充分的证据，以证明员工的违法行为和给公司造成的损失。同时，在解除劳动合同和扣除工资时，必须严格遵守相关法律法规的规定，避免侵犯员工的合法权益。
与员工沟通：
- 公司应与员工进行沟通，明确告知其违法行为和后果，以及公司的处理决定和理由。这有助于增强员工的法律意识，同时也有助于维护公司的形象和声誉。
可能的法律后果
- 如果公司无故拖欠或克扣员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付工资及可能存在的违法解除劳动合同的赔偿金。
- 如果公司能够证明员工的盗窃行为给其造成了经济损失，并依法进行了扣除，那么这种扣除是合法的，员工无权要求公司返还。
总结：员工因盗窃被公司辞退后，公司仍需支付其已工作期间的工资，但可根据具体情况依法扣除部分作为经济赔偿。在处理此类事件时，公司应确保合法合规，并加强与员工的沟通，以维护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。