结论：关于补偿协议纠纷中是否补偿了胎儿抚养费的问题，若补偿协议中并未明确提及胎儿抚养费，且母亲未作为代理人签字，那么通常情况下，该补偿协议并不包含对胎儿抚养费的补偿。不过，具体还需根据协议内容、双方意图及实际情况综合判断。
分析说明：
协议内容：
- 补偿协议是双方自愿达成的，其内容应当明确、具体。若协议中并未提及胎儿抚养费，那么从协议文本的角度来看，该协议并不包含对胎儿抚养费的补偿。
- 胎儿在法律上虽不具备完全的民事行为能力，但其权益仍受法律保护。若协议中未明确提及胎儿抚养费，且没有其他证据表明双方有此意图，则难以认定协议中包含了该部分费用。
母亲代理签字：
- 在涉及胎儿权益的协议中，母亲作为胎儿的法定代理人，其签字具有法律效力。若母亲未作为代理人签字，且没有其他合法代理手续，那么该协议在涉及胎儿权益的部分可能存在效力瑕疵。
- 然而，即使母亲未签字，若协议中其他条款或双方的实际行为表明了对胎儿抚养费的补偿意图，且该意图不违反法律强制性规定，那么该部分费用仍可能得到法律支持。但这种情况需要具体证据支持，且较为复杂。
实际情况与双方意图：
- 在判断补偿协议是否包含胎儿抚养费时，还需考虑双方的实际意图和协议签订时的具体情况。例如，若双方在签订协议时口头约定了胎儿抚养费的补偿，但未写入协议中，那么该口头约定在符合一定条件下（如双方认可、有证人等）也可能具有法律效力。
- 另外，若协议签订后，双方通过实际行动（如一方实际支付了胎儿抚养费）表明了对胎儿抚养费的补偿意图，那么该部分费用也可能得到法律认可。
法律建议：
对于协议签订方：
- 在签订补偿协议时，应明确、具体地约定各项费用，包括是否包含胎儿抚养费。若涉及胎儿权益，应确保母亲作为法定代理人签字或提供其他合法代理手续。
- 若协议签订后发现遗漏或需要变更，应及时与对方协商并签订补充协议，以避免后续纠纷。
对于面临纠纷的一方：
- 若认为补偿协议中应包含胎儿抚养费但协议中未明确提及，且母亲未签字，可尝试与对方协商解决。若协商无果，可收集相关证据（如口头约定、实际支付记录等）并寻求法律途径解决。
- 在法律途径解决时，应咨询专业律师，根据具体情况制定合适的诉讼策略，以维护自身及胎儿的合法权益。
后续行动与注意事项：
- 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，避免情绪化决策。
- 及时收集并保存相关证据，以备不时之需。
- 如有需要，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。