结论前置：厂里因抽烟扣工资500元，申请仲裁是否有用，需分情况讨论。若公司规章制度合法且抽烟行为确实违反规定，仲裁可能不支持返还工资；若规章制度不合法或未公示，仲裁可能支持返还工资。

详细分析：

1. 公司规章制度合法且已公示：

   • 法律背景：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
   • 分析：如果公司规章制度中明确规定了抽烟属于违纪行为，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知了劳动者，那么公司因员工抽烟而扣工资的行为，在合法范围内是受到保护的。此时，申请仲裁可能无法获得支持返还工资的结果。

2. 公司规章制度不合法或未公示：

   • 法律背景：同样依据《劳动合同法》第四条，如果规章制度未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。
   • 分析：如果公司规章制度中未规定抽烟属于违纪行为，或者虽然规定了但未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，那么公司因员工抽烟而扣工资的行为就缺乏合法依据。此时，员工申请仲裁，仲裁机构可能会支持员工返还工资的请求。

3. 扣工资的合理性：

   • 法律背景：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 分析：即使公司规章制度合法且已公示，如果扣工资的数额超过了法定比例（即当月工资的20%），或者扣除后员工的工资低于当地最低工资标准，那么公司的扣工资行为也是不合法的。此时，员工申请仲裁，仲裁机构同样可能会支持员工返还工资的请求。

建议：

• 如果您认为公司的扣工资行为不合法，可以先与公司进行协商，尝试通过沟通解决问题。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请仲裁，提交相关证据（如工资条、规章制度、公示证明等）来支持您的主张。
• 在申请仲裁前，建议您先了解清楚公司的规章制度以及当地的法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果仲裁机构支持您的请求，公司将被要求返还被扣的工资。
• 如果仲裁机构不支持您的请求，您可能需要考虑是否通过法律诉讼等途径进一步维权。但请注意，法律诉讼需要耗费更多的时间和精力，且结果具有不确定性。