结论：针对食品生产企业法人不在现场但有授权委托书，法人回来后不承认违法行为的情况，可以从证据收集、法律责任认定、法律程序应对三个角度来分析和处理。
证据收集角度：
- 授权委托书的重要性：授权委托书是证明代理人有权代表法人进行相关活动的关键证据。如果授权委托书内容明确、签字盖章齐全，且符合法律规定的形式要件，那么它将成为证明代理人行为合法性的有力证据。
- 其他证据的收集：除了授权委托书外，还应收集其他相关证据，如现场照片、视频、交易记录、证人证言等，以证明违法行为的实际发生以及代理人与法人之间的代理关系。这些证据将有助于在法人否认时，证明违法行为的真实性和代理人的行为与法人之间的关联性。
法律责任认定角度：
- 法人的法律责任：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，法人对其代理人的行为承担法律责任。如果代理人是在法人的授权范围内行事，且行为合法，那么法人应承担相应的法律后果。如果法人否认代理人的行为，但无法提供充分证据证明代理人行为超出授权范围或行为违法，那么法人仍可能需承担法律责任。
- 代理人的法律责任：代理人如果在其授权范围内行事，且行为合法，则不承担个人法律责任。但如果代理人超出授权范围行事或行为违法，那么代理人将可能承担个人法律责任，同时法人也可能因管理不善或选任不当而承担相应责任。
法律程序应对角度：
- 协商与调解：在法人否认违法行为的情况下，首先可以尝试与法人进行协商或调解，通过沟通达成共识，解决纠纷。这可以节省时间和成本，避免法律程序的繁琐。
- 法律诉讼：如果协商或调解无果，可以考虑通过法律诉讼来解决纠纷。在诉讼过程中，应充分利用收集到的证据，证明违法行为的真实性和代理人的行为与法人之间的关联性。同时，也可以考虑申请法院进行证据保全或鉴定，以增强证据的证明力。
- 应对法人否认的策略：在诉讼过程中，如果法人否认违法行为，可以针对法人的否认提出反驳证据和理由。例如，可以指出法人无法提供充分证据证明代理人行为超出授权范围或行为违法；或者可以指出法人之前对代理人的行为是知情的且未提出异议等。
额外建议：
- 在处理此类纠纷时，建议及时咨询专业律师，以便更准确地把握法律程序和证据要求，提高胜诉率。
- 在日常经营中，食品生产企业应加强对代理人的管理和监督，确保代理人的行为符合法律法规和企业的规章制度，避免类似纠纷的发生。
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