核心结论：劳动派遣到单位离职时，单位让填写解除劳动合同存根三联，且该存根并非由劳动派遣公司开具，这种情况可能存在程序不规范的问题，需要分情况讨论并采取相应措施。
1. 劳动派遣关系中的合同解除主体
在劳动派遣关系中，劳动者与派遣公司签订劳动合同，建立劳动关系，而实际用工单位与劳动者之间是劳务关系。因此，当需要解除劳动合同时，理论上应由派遣公司与劳动者办理相关手续，包括出具解除劳动合同的证明文件。
2. 单位要求填写非派遣公司开具的解除劳动合同存根的问题
- 程序不规范：如果单位要求填写的解除劳动合同存根并非由派遣公司开具，这可能违反了劳动派遣的基本程序。因为解除劳动合同的证明应当由与劳动者建立劳动关系的派遣公司出具，以确保程序的合法性和规范性。
- 潜在风险：填写非派遣公司开具的解除劳动合同存根可能导致劳动者在后续求职、社保转移等方面遇到麻烦。因为其他单位或机构在核实劳动者的工作经历和社保情况时，可能会要求提供由派遣公司出具的正式解除劳动合同证明。
3. 应对措施
- 与单位沟通：首先，你可以与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确指出劳动派遣关系中解除劳动合同的程序要求，并要求单位提供由派遣公司出具的正式解除劳动合同证明。
- 向派遣公司核实：同时，你也可以联系派遣公司，核实你的劳动合同状态以及是否已出具解除劳动合同的证明。如果派遣公司尚未出具相关证明，你可以要求其尽快办理。
- 保留证据：在沟通过程中，务必保留好与单位和派遣公司的沟通记录、邮件、短信等证据，以备不时之需。
- 寻求法律援助：如果单位坚持要求你填写非派遣公司开具的解除劳动合同存根，并且拒绝提供正式证明，你可以考虑寻求法律援助或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。
4. 注意事项
- 确保自身权益不受损：在处理此类问题时，务必确保自己的合法权益不受损害。不要因为单位的压力或要求而轻易签署不利于自己的文件或协议。
- 及时咨询专业人士：如果你对劳动派遣关系中的合同解除程序或相关法律法规不太了解，建议及时咨询专业律师或劳动法律顾问，以获取更准确的指导和建议。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。