总包与分包人结算协议中包含工程质量保证金和农民工工资保证金，在符合法律规定和合同约定的情况下，是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、工程质量保证金的有效性
法律依据：
- 工程质量保证金是确保工程质量的一种经济手段，其设立和扣除通常依据《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定。该办法明确了工程质量保证金的预留、返还等具体规则，为工程质量保证金的合法性提供了依据。
合同约定：
- 总包与分包人在签订结算协议时，可以明确约定工程质量保证金的预留比例、返还条件等。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，该约定即具有法律效力。
实际执行：
- 在工程实践中，工程质量保证金通常用于保证分包人按照合同约定完成工程质量修复等义务。如果分包人未能履行相关义务，总包人有权按照约定扣除相应的工程质量保证金。
二、农民工工资保证金的有效性
法律依据：
- 农民工工资保证金是确保农民工工资按时足额支付的一种经济手段。其设立和扣除通常依据《保障农民工工资支付条例》等相关规定。该条例明确了农民工工资保证金的缴纳、管理、使用等具体规则，为农民工工资保证金的合法性提供了依据。
合同约定：
- 总包与分包人在签订结算协议时，同样可以明确约定农民工工资保证金的预留比例、返还条件等。这些约定同样需要遵守法律法规的强制性规定，并确保双方意思表示真实。
实际执行：
- 农民工工资保证金通常用于保证分包人按时足额支付农民工工资。如果分包人未能履行支付义务，总包人有权按照约定使用农民工工资保证金进行支付，并有权向分包人追偿。
三、注意事项
合法性审查：
- 在签订结算协议时，总包与分包人应确保协议中的工程质量保证金和农民工工资保证金条款符合法律法规的强制性规定，避免因违法而无效。
明确约定：
- 双方应在协议中明确约定工程质量保证金和农民工工资保证金的预留比例、返还条件、使用方式等具体事项，以避免后续争议。
及时返还：
- 在满足返还条件时，总包人应及时返还工程质量保证金和农民工工资保证金给分包人，以维护分包人的合法权益。
建议：在实际操作中，总包与分包人应充分了解并遵守相关法律法规的规定，确保结算协议中的工程质量保证金和农民工工资保证金条款合法有效。如果双方在执行过程中遇到任何问题或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。