结论：挂靠公司和总包签订的合同中约定的违约金条款是否有效，需根据具体情况判断，包括合同效力、违约金条款本身是否合法合理等因素。以下从不同角度进行分析：
一、合同效力对违约金条款的影响
合同有效的情况：
- 如果挂靠公司与总包签订的建设工程合同是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该合同是有效的。
- 在合同有效的情况下，合同中约定的违约金条款通常也是有效的。这意味着，如果一方违反合同约定，另一方有权要求按照合同约定的违约金数额进行赔偿。
合同无效的情况：
- 如果挂靠行为本身违反了法律、行政法规的强制性规定（如挂靠人无相应资质、挂靠行为被法律明确禁止等），那么挂靠公司与总包签订的建设工程合同可能是无效的。
- 在合同无效的情况下，合同中约定的违约金条款通常也是无效的。因为违约金条款是合同的一部分，合同无效则其所有条款（包括违约金条款）均无效。但需要注意的是，即使合同无效，如果因一方过错造成另一方损失，过错方仍需承担赔偿责任，只是这种赔偿不再受合同约定的违约金数额限制。
二、违约金条款本身的合法性
违约金数额的合理性：
- 即使合同有效，违约金条款也需满足合法性要求。其中，违约金数额的合理性是一个重要方面。
- 如果违约金数额过高或过低，可能被视为显失公平或违反诚实信用原则，从而被法院或仲裁机构调整。一般来说，违约金数额应与违约行为可能造成的损失相当。
违约金条款的明确性：
- 违约金条款应明确约定违约金的数额或计算方法。如果条款表述模糊或存在歧义，可能导致双方对违约金数额产生争议。
- 在这种情况下，法院或仲裁机构可能会根据合同的整体内容、交易习惯以及公平原则等因素来推断违约金的数额。
三、实际案例中的考量因素
- 在实际案例中，法院或仲裁机构在判断违约金条款是否有效时，还会考虑其他因素，如双方当事人的过错程度、违约行为的性质、违约后果的严重性等。
- 例如，如果挂靠公司未经总包同意擅自将工程分包给个人，且该分包行为违反了合同约定或法律规定，那么总包有权要求挂靠公司承担违约责任。但具体违约金的数额，还需根据合同约定、实际损失以及双方过错程度等因素综合判断。
四、建议
- 对于挂靠公司：在签订合同时，应确保合同内容合法合规，避免使用无效或可撤销的条款。同时，应明确约定违约金的数额或计算方法，以减少争议和风险。
- 对于总包：在签订合同时，应对挂靠公司的资质和信誉进行充分调查，确保其具备履行合同的能力。同时，在合同中明确约定违约责任和违约金条款，以保障自身权益。
- 对于双方：在合同履行过程中，应严格遵守合同约定，避免违约行为的发生。如果发生争议或违约情况，应及时协商解决或寻求法律途径解决。
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