违法分包和转包合同中的违约金条款，其有效性需分情况讨论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同整体无效时违约金条款的效力
合同无效情形：
- 根据《民法典》及相关司法解释，违法分包和转包合同因违反法律、行政法规的强制性规定（如《建筑法》中关于禁止违法分包和转包的规定），通常会被认定为无效合同。
违约金条款效力：
- 在合同整体无效的情况下，合同中的违约金条款也一并无效。因为违约金条款是合同的一部分，其效力依赖于合同的效力。合同无效，则其中的违约金条款自然无效。
二、合同部分无效时违约金条款的效力（虽不常见，但理论上存在）
部分无效情形：
- 如果合同中除了违法分包或转包的内容外，还有其他合法有效的条款，且这些条款与违约金条款相互独立，那么理论上可能存在合同部分无效而违约金条款有效的情况。但这种情况在违法分包和转包合同中较为罕见，因为违法分包和转包通常涉及合同的核心内容。
违约金条款效力：
- 即便在理论上存在部分无效的情况，由于违法分包和转包合同的核心内容违法，导致合同整体性质发生变化，违约金条款也很难被单独认定为有效。实践中，法院或仲裁机构更倾向于将整个合同视为无效，并据此处理相关争议。
三、实际处理中的法律后果与建议
法律后果：
- 当违法分包和转包合同被认定为无效时，双方因合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 关于违约金，由于合同无效，违约金条款也无效，因此无法依据违约金条款要求对方支付违约金。但可以根据实际损失情况，要求对方承担赔偿责任。
建议：
- 避免违法分包和转包：作为建设工程的参与方，应严格遵守相关法律法规，避免违法分包和转包行为的发生。
- 完善合同条款：在签订合同时，应确保合同内容合法合规，并明确约定双方的权利义务、违约责任等条款。虽然违法分包和转包合同中的违约金条款可能无效，但合法有效的合同中的违约金条款可以作为双方履行合同的约束和保障。
- 及时寻求法律帮助：如果因违法分包或转包行为产生争议，应及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，违法分包和转包合同中的违约金条款，在合同被认定为无效的情况下，通常也是无效的。因此，在参与建设工程活动时，应严格遵守相关法律法规，确保合同内容的合法合规性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。