发包人与实际施工人签订的结算协议是否有效，需根据具体情况判断，以下从不同角度进行分析：

1. 协议主体适格性

   • 若实际施工人具备签订结算协议的主体资格（如具备相应施工资质或经合法授权），且发包人具有签订协议的合法权限，则协议主体适格，这是协议有效的前提。例如，实际施工人虽未直接与发包人签订施工合同，但若其通过合法分包或转包获得施工权，且发包人明知或应知其实际施工人身份，此时签订的结算协议通常有效。
   • 例外情形：若实际施工人无资质或超越资质等级签订协议，或发包人无权处分工程款项（如工程已抵押或被查封），则协议可能因主体不适格或违反法律强制性规定而无效。

2. 协议内容合法性

   • 结算协议内容需符合法律法规强制性规定，如不得违反工程价款结算的法定程序（如未完成竣工验收即结算）、不得损害第三方利益（如其他分包人或供应商权益）。若协议内容合法，则有效；若存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益，或以合法形式掩盖非法目的（如虚增工程款套取资金），则协议无效。
   • 示例：若结算协议中约定的工程款远高于实际施工成本，且无合理依据，可能被认定为“显失公平”或“恶意串通”，从而影响协议效力。

3. 程序合规性

   • 结算协议的签订需遵循法定程序，如需经双方盖章确认、法定代表人或授权代表签字等。若程序存在瑕疵（如未加盖公章、签字人无授权），但双方已实际履行协议主要义务（如发包人已支付部分款项），则协议可能因“事实履行”而被认定为有效。
   • 特殊情形：若工程涉及政府投资或国有资金，结算协议可能需经审计或财政部门审核，未经审核的协议效力可能受影响。

4. 实际施工人身份认定

   • 实际施工人需与发包人存在事实上的施工合同关系（如通过转包、违法分包或挂靠取得施工权）。若实际施工人身份存疑（如仅为劳务提供者或材料供应商），则其与发包人签订的结算协议可能因主体不适格而无效。
   • 司法实践：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，实际施工人可突破合同相对性向发包人主张权利，但需以“转包人或违法分包人怠于行使权利”为前提。若发包人直接与实际施工人结算，可能被认定为对转包或违法分包行为的认可，从而影响协议效力。

法律建议：

• 发包人与实际施工人签订结算协议前，应核实对方主体资格、施工内容及价款合理性，避免因程序或内容瑕疵导致协议无效。
• 若协议涉及复杂法律问题（如工程价款优先受偿权、第三方权益保护），建议提前咨询专业律师，确保协议合法有效。
• 协议签订后，双方应严格履行义务，避免因单方违约引发纠纷。

可能法律后果：

• 若协议有效，双方需按约定履行义务，否则可能承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失）。
• 若协议无效，双方需返还财产或折价补偿，有过错的一方还需赔偿对方因此受到的损失。

如有具体案情或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供详细解答。