有资质的实际施工人与分包签订的工程合作协议，其效力需分情况判断：

1. 若协议符合法律规定及双方真实意思表示：

   • 实际施工人具备相应资质，且与分包方签订的工程合作协议内容合法、双方意思表示真实，未违反法律、行政法规的强制性规定，也未违背公序良俗，则该协议通常有效。这种情况下，协议双方应按照约定履行各自义务，享受相应权利。

2. 若协议存在违法或违规情形：

   • 资质问题：尽管实际施工人本身具备资质，但如果分包行为本身违法（如分包给不具备相应资质的单位或个人，但此处实际施工人有资质，所以主要关注分包行为是否合法分包范畴），或者协议内容违反了建筑法、招标投标法等相关法律法规的规定，则协议可能被认定无效。例如，若分包行为未经发包人同意，或者属于必须进行招标的项目而未招标，则分包协议可能无效。
   • 协议内容违法：如果协议中存在诸如串通投标、行贿受贿、转包或违法分包等违法行为，或者协议条款显失公平、欺诈胁迫等情形，该协议同样可能被认定无效。

法律建议：

• 在签订工程合作协议前，双方应仔细审查对方资质，确保分包行为合法合规。
• 协议内容应明确、具体，符合法律法规的规定，避免出现违法或违规条款。
• 协议签订后，双方应严格按照协议约定履行义务，如遇纠纷，应及时通过法律途径解决。

可能的法律后果：

• 若协议有效，双方应按照协议约定享受权利、承担义务。如一方违约，应承担相应的违约责任。
• 若协议无效，双方可能无法按照协议约定享受权利、承担义务。此时，双方应根据实际情况，协商解决纠纷或通过法律途径解决。如因协议无效给一方造成损失的，有过错的一方应承担赔偿责任。

在实际操作中，建议双方在签订工程合作协议前，咨询专业律师，确保协议合法有效，以维护自身合法权益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。