施工企业地方分公司签订的合作协议，在符合一定条件下是有效的，但也存在可能无效的情形。以下是对此问题的详细分析：
一、有效情形
合法登记与营业执照：
- 如果施工企业地方分公司在工商部门进行了合法登记并领取了营业执照，那么它就具备了一定的经营资格和签约能力。此时，分公司以自己的名义签订的合作协议，在符合其他法律规定的前提下（如双方真实意愿、合同内容合法明确），通常是有效的。
总公司授权或追认：
- 如果分公司获得了总公司的明确授权，或者事后得到了总公司的追认，那么其签订的合作协议也是有效的。这种授权或追认可以是书面的，也可以通过实际行为（如安排人员进场施工、支付合作款项等）来体现。
合同内容合法：
- 合作协议的内容必须遵守国家法律法规的强制性规定，不得违反公共利益和社会公德。只有合同内容合法，才能确保合同的效力。
二、可能无效的情形
超越经营范围且违反法律强制性规定：
- 如果分公司签订的合作协议超越了其经营范围，并且该行为违反了法律、行政法规的强制性规定（如不具备相应资质而承接大型工程项目等），那么合同可能被认定为无效。
无授权且总公司拒绝追认：
- 分公司在没有获得总公司授权的情况下签订合作协议，且总公司事后明确表示拒绝追认该合同，那么该合同对总公司不发生效力。此时，如果因此给合同相对方造成损失，分公司需要承担相应的赔偿责任。
违反招投标等法定程序：
- 如果合作协议涉及的建设工程领域有严格的招投标程序要求，而分公司签订的合作协议违反了这些法定程序（如应该进行招标而未招标，或者在招标过程中存在串标、围标等违法行为），那么合同可能会被认定为无效。
分公司未合法登记或无营业执照：
- 如果分公司没有进行合法登记或没有领取营业执照，那么其签订的合作协议在法律上可能被视为无效。除非总公司对此进行了明确的授权或追认，否则该合同对总公司不具有约束力。
三、法律建议
- 审查分公司资质：在签订合作协议前，务必审查分公司的营业执照、经营范围以及总公司的授权文件，确保分公司具备签约资格。
- 确保合同内容合法：合作协议的内容应遵守国家法律法规的强制性规定，不得违反公共利益和社会公德。
- 明确责任承担：在合同中明确约定责任承担方式，以避免因分公司财产不足以承担责任时，给合同相对方造成损失。
- 咨询专业律师：如有必要，可咨询专业律师以确保合同的合法有效性和可执行性。
在实际操作中，建议企业在签订合作协议前仔细审查分公司的相关资质和授权文件，并确保合同内容合法合规。如遇复杂情况或不确定因素，可直接向我咨询以避免潜在的法律风险。