分公司挂靠合作协议不一定有效，其效力取决于挂靠的对象、方式以及是否遵守了相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况下的效力：

   • 分公司作为总公司的分支机构，若与总公司之间签订的是合法的内部管理或合作协议，且未违反法律法规的强制性规定，则该挂靠合作协议通常被视为有效。
   • 但若该协议以合法形式掩盖非法目的（如逃税、逃避监管等），则会被认定为无效。

2. 特定行业（如建筑行业）的效力：

   • 在建筑行业中，挂靠行为通常被严格禁止。《中华人民共和国建筑法》明确规定，禁止建筑施工企业允许其他单位或个人使用本企业的资质证书、营业执照以本企业名义承揽工程。
   • 因此，在建筑行业中，分公司挂靠其他具有建筑资质的公司进行经营是违法的，相关协议和经营活动通常会被认定为无效。

3. 法律后果及风险提示：

   • 一旦分公司挂靠经营被认定无效，挂靠方以分公司名义取得的经营收益可能会被依法收缴。
   • 对于因经营活动产生的债务，挂靠方和被挂靠的分公司（或总公司）可能需要承担连带责任。
   • 在建筑等行业，还可能面临行政处罚，如责令改正、没收违法所得、罚款等，甚至吊销资质证书。

4. 建议：

   • 在进行分公司挂靠经营时，应充分了解并遵守相关法律法规和行业规定。
   • 确保挂靠行为符合法律规定，避免以合法形式掩盖非法目的。
   • 若对挂靠合作协议的效力存在疑问，建议及时咨询专业律师进行法律审查和风险评估。

综上所述，分公司挂靠合作协议的效力问题需根据具体情况和法律规定进行综合判断。在进行此类经营活动时，务必谨慎行事，确保合法合规。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。