建筑总公司与分公司签订的协议，在大多数情况下是有效的。不过，其效力还需根据具体情况综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
法律地位与民事行为能力：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽不具有独立法人资格，但在法律上仍被视为具有一定的组织机构和财产，能够以自己的名义从事民事活动。
- 只要总公司与分公司均具备签订合同的相应民事行为能力，且合同内容不违反法律法规的禁止性规定，合同即具有法律效力。
内部管理与核算需要：
- 总公司为了加强内部管理、明确各部门或分支机构的权利义务和责任，常与分公司订立合同。
- 这类合同通常涉及目标考核、业绩奖励等内部管理机制，旨在激励分公司提高运营效率和经济效益。
- 基于双方真实的意思表示且不违反法律法规，这类合同通常被认定为有效。
分公司相对独立性：
- 在某些大型企业集团中，分公司在业务、财务等方面具有相对独立性，拥有自己独立的经营决策权和财产权。
- 在此情况下，总公司与分公司之间订立的合同，若基于双方真实的意思表示且不违反法律法规，同样可能被认定为有效。
然而，也存在一些特定情况下合同可能无效的情形，例如：
- 非法内容或违反公序良俗：如果总分公司之间的合同内容涉及非法活动或违反社会公德和善良风俗，该合同将被认定为无效。
- 意思表示不真实：存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形时，合同同样可能被认定为无效。
- 超出授权范围：虽然分公司有一定的缔约能力，但如果未经总公司授权或超出授权范围签订合同，且总公司不予追认，该合同可能对总公司不产生法律效力。
综上所述，建筑总公司与分公司签订的协议在大多数情况下是有效的，但具体效力还需根据合同内容、签订背景以及双方的真实意思表示来综合判断。若存在任何疑问或争议，建议及时向我咨询以获取准确的法律意见。