分公司负责人与自己公司签订合作协议书是否有效，主要取决于分公司的营业执照情况、负责人的代理权限以及合同内容是否合法等多个因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 分公司有营业执照的情况

   • 分公司负责人的缔约能力：根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，法人可以设立分支机构，若分支机构依法领取了营业执照，则具备独立的缔约能力。因此，分公司负责人在其职权范围内代表分公司签订的合同，通常具有法律效力。例如，若分公司负责人根据公司授权，与另一公司签订了一份销售合同，且合同内容合法，那么这份合同就是有效的。

   • 表见代理的效力：即使分公司负责人超越了总公司授予的权限签订合同，但如果相对人有合理理由相信其有代理权（如总公司曾多次认可类似行为或负责人持有相关授权文件），根据《民法典》第一百七十二条，该代理行为仍然有效。这种情况下，合同对分公司和总公司均具有约束力。

   • 合同内容的合法性：合同内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益或恶意串通损害他人合法权益，否则合同无效。例如，若合同内容涉及非法交易或欺诈行为，那么这份合同就是无效的。

2. 分公司无营业执照的情况

   • 无权代理的后果：若分公司未领取营业执照，则不具备独立从事民事活动的资格。此时，分公司负责人签订合同的行为可能构成无权代理。如果总公司事后追认该合同，则合同有效；如果总公司拒绝追认，则合同无效，且由分公司负责人承担相应责任。例如，若分公司负责人未经总公司授权，擅自与另一公司签订了一份采购合同，且总公司事后拒绝追认，那么这份合同就是无效的，且负责人可能需要承担违约责任。

3. 签订合同时的注意事项

   • 核实分公司信息：在签订合同前，应核实分公司是否已领取营业执照，以及其经营范围是否与合同内容相符。这有助于确保合同的合法性和有效性。

   • 确认负责人权限：应确认分公司负责人是否具有签订该合同的权限，可以通过查看其授权文件或向总公司求证等方式进行。这有助于避免无权代理或超越代理权限的情况发生。

   • 审查合同内容：仔细审查合同内容，确保其合法、合规，并明确双方的权利和义务。这有助于减少合同纠纷和风险。

   • 保留证据：在合同签订过程中，应保留好相关证据，如往来邮件、聊天记录、授权文件等，以备不时之需。这些证据在合同纠纷发生时可能起到关键作用。

总结与建议：分公司负责人与自己公司签订合作协议书是否有效，需综合考虑多个因素。在签订合同时，建议谨慎行事，确保合同的有效性和合法性。若您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。