分公司与总公司签订的合作协议，在符合一定条件下是具有法律效力的。以下是对此问题的详细分析：
分公司的法律地位与缔约能力
- 分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，而是依附于总公司存在。然而，根据《中华人民共和国民法典》第七十四条的规定，有营业执照的分公司具备一定的经营资格和缔约能力。这意味着，只要分公司拥有合法的营业执照，并且在其被授权的经营范围内签订合同，该合同就具有法律效力。
- 在实际操作中，分公司通常会在总公司的授权范围内进行经营活动，包括签订合作协议。因此，只要合作协议的内容合法、合规，且得到了总公司的授权或批准，该协议就是有效的。
合作协议的效力判断
- 合法性与合规性：合作协议的内容必须合法、合规，不得违反法律法规的强制性规定。如果协议内容违法或违规，那么该协议将自始无效。
- 总公司授权：分公司签订合作协议通常需要得到总公司的授权。如果分公司未经授权而签订协议，且事后未得到总公司的追认，那么该协议可能无效。但值得注意的是，如果分公司持有营业执照，且在其经营范围内签订协议，即使没有总公司的明确授权，该协议也可能被认定为有效，因为分公司具备一定的经营资格和缔约能力。
- 签订程序：合作协议的签订程序也必须符合法律法规的规定。例如，协议双方必须具备相应的民事行为能力，协议必须经过双方协商一致并签字盖章等。
法律责任承担
- 对于有营业执照的分公司签订的合作协议产生的民事责任，先由分公司管理的财产承担，不足部分由总公司承担。这是因为分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任最终由法人承担。
- 如果分公司没有得到总公司的授权就擅自签订合作协议，导致协议无效或被撤销，那么分公司及其负责人可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失等。
风险防范建议
- 明确授权范围：为了确保合作协议的合法性和有效性，建议总公司在设立分公司时就明确其职权范围，并通过正式的文件或协议进行授权。这样，分公司就可以在授权范围内签订合作协议，避免不必要的法律风险。
- 严格审核协议内容：总公司在对分公司签订的合作协议进行审核时，应确保协议内容合法、合规，且符合公司的整体利益。同时，总公司还应关注协议中的违约责任条款，以便在发生纠纷时能够维护自己的合法权益。
- 保留相关证据：在合作协议履行过程中，分公司和总公司都应注意保留相关证据，如交货凭证、付款记录等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用，有助于证明双方的权利和义务关系。
举例说明：假设某总公司的分公司，在其营业执照登记的经营范围内，与另一家公司签订了一份合作协议，且该协议得到了总公司的明确授权。在这种情况下，该合作协议是具有法律效力的。如果协议履行过程中出现纠纷，双方可以根据协议中的约定和法律法规的规定来解决争议。
综上所述，分公司与总公司签订的合作协议在符合一定条件下是具有法律效力的。为了确保协议的合法性和有效性，以及避免可能的法律风险，建议双方在签订协议时谨慎行事，做好充分的法律风险防范工作。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。