关于您提出的“签协议辞职时返还餐补交通补贴是否合法”的问题，这主要取决于餐补和交通补贴的性质以及您与公司签订的劳动合同或相关协议中的具体约定。

首先，我们需要明确餐补和交通补贴的性质。一般来说，餐补和交通补贴是公司为了员工更好地完成工作而提供的额外福利，它们并不属于员工的基本工资范畴。这些补贴的发放通常与员工的在职状态相关联，即员工在职期间可以享受这些福利，而离职后则可能不再享有。

接下来，我们分析您与公司签订的劳动合同或相关协议。如果协议中明确规定了餐补和交通补贴的发放条件、发放期限以及离职后的处理方式，那么双方应当按照协议的约定来执行。例如，如果协议中明确规定离职时需要返还未使用的餐补和交通补贴，那么员工在离职时就需要按照协议进行返还。

然而，如果协议中没有明确规定或者规定不明确，我们就需要参考相关的法律法规和司法实践。根据一般的司法实践，如果餐补和交通补贴是公司给予在职员工的额外福利，且并未以货币形式直接支付给员工（如通过内部消费系统实现），那么这些补贴的所有权在本质上可能仍属于公司。在这种情况下，员工离职时公司对未被实际消费的补贴余额进行处置（如清零或要求返还），可能并不违反法律法规的强制性规定。

以您提供的案例为例，A公司每月向赖某的内部办公APP上提供餐补，赖某可自行使用。但双方签订的劳动合同书中关于“劳动报酬”的约定并未包括餐补，且A公司的工资条中亦无“餐补”的项目。在案证据不能证明案涉餐补系A公司应向赖某支付的固定工资部分。因此，法院最终判决A公司无需向赖某支付餐补余额。这个案例也说明了，如果餐补等补贴并未明确纳入劳动合同约定的劳动报酬范畴，那么公司对其的处理可能享有较大的自主权。

综上所述，签协议辞职时是否需要返还餐补和交通补贴，主要取决于您与公司签订的协议中的具体约定以及这些补贴的性质。如果协议中有明确规定或者补贴属于公司给予在职员工的额外福利且并未以货币形式直接支付给员工，那么您可能需要按照协议或公司的规定进行返还。建议您在签订劳动合同时或离职前，仔细阅读相关协议和条款，并咨询专业法律人士的意见，以维护自己的合法权益。