结论：工伤期两年内，公司按病假发停工留薪工资是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若职工处于停工留薪期，公司应按原工资福利待遇支付，而非按病假工资支付，因此直接按病假发停工留薪工资可能不合理。以下从多个角度进行分析：
一、停工留薪期的定义与待遇
- 定义：停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。
- 待遇：根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，在停工留薪期内，职工应享受与正常工作期间相同的工资和福利待遇。
二、病假工资与停工留薪期工资的区别
- 病假工资：病假工资是职工因疾病或非因工负伤停止工作治病休息时，用人单位支付的工资。其支付标准通常低于正常工作期间的工资，且可能受到地方性法规或单位规章制度的影响。
- 停工留薪期工资：如前所述，停工留薪期工资是职工在工伤医疗期间应享受的与正常工作期间相同的工资和福利待遇。
三、公司按病假发停工留薪工资的合理性分析
若职工处于停工留薪期：
- 公司应按原工资福利待遇支付停工留薪期工资，而非按病假工资支付。
- 如果公司直接按病假发停工留薪工资，可能违反了《工伤保险条例》的规定，侵犯了职工的合法权益。
若职工停工留薪期已满：
- 如果职工停工留薪期已满，但仍需继续治疗或休息，且不能从事原工作或其他工作，此时可能涉及病假工资的支付问题。
- 但即便如此，公司也应按照相关法律法规和单位规章制度的规定，合理确定病假工资的支付标准，而非简单地按病假处理停工留薪期内的工资问题。
四、建议与措施
- 核实停工留薪期：职工应首先核实自己的停工留薪期是否已满，以及是否仍处于工伤医疗期间。
- 与公司沟通：如果职工认为公司按病假发停工留薪工资不合理，可以与公司进行沟通，要求公司按照《工伤保险条例》的规定支付停工留薪期工资。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，职工可以向当地劳动保障监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某职工因工伤需要暂停工作接受治疗，其停工留薪期为一年。在这一年内，公司应按该职工原工资福利待遇支付停工留薪期工资。如果公司直接按病假工资支付，那么该职工有权要求公司补足差额，并可以向相关部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：工伤期两年内，公司按病假发停工留薪工资是否合理，需根据职工是否处于停工留薪期以及相关法律法规的规定来判断。如果职工处于停工留薪期，公司应按原工资福利待遇支付停工留薪期工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。