在员工申请工伤认定通过后，仲裁阶段用人单位一般不能直接推翻认定结论，但可以通过合法途径提出异议或申请重新认定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 工伤认定结论的效力：

   • 工伤认定结论是由社会保险行政部门根据法定程序和标准作出的，具有法律效力。一旦认定结论作出，即对用人单位和员工产生约束力，双方应当遵守。

2. 用人单位在仲裁阶段的权利：

   • 在仲裁阶段，用人单位虽然不能直接推翻工伤认定结论，但可以提出异议，如认为认定结论存在错误或不当，可以提供相关证据进行反驳。
   • 用人单位还可以依据《工伤保险条例》等相关法律法规，申请行政复议或提起行政诉讼，请求撤销或变更工伤认定结论。但这一途径并非在仲裁阶段直接进行，而是需要在收到工伤认定结论后的一定期限内（如60日内申请行政复议，6个月内提起行政诉讼）提出。

3. 仲裁阶段的处理方式：

   • 在仲裁阶段，仲裁庭会依据双方提供的证据和法律法规进行裁决。如果用人单位提出异议，仲裁庭会审查相关证据，判断工伤认定结论是否合法、合理。
   • 如果仲裁庭认为工伤认定结论存在错误或不当，且该错误或不当影响了裁决结果，仲裁庭可能会建议双方重新进行工伤认定或依据其他证据进行裁决。但仲裁庭本身无权直接撤销或变更工伤认定结论。

4. 用人单位的应对策略：

   • 用人单位在收到工伤认定结论后，应仔细审查结论内容，如有异议应及时收集证据并准备提出异议或申请重新认定。
   • 在仲裁阶段，用人单位应积极配合仲裁庭的调查和裁决工作，提供真实、有效的证据支持自己的主张。
   • 如果用人单位认为工伤认定结论确实存在错误或不当，且该错误或不当对自身权益产生了重大影响，可以考虑在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。

5. 法律后果：

   • 如果用人单位未能在法定期限内提出异议或申请重新认定，且仲裁庭依据工伤认定结论作出了裁决，用人单位应当履行裁决义务。
   • 如果用人单位通过合法途径成功推翻或变更了工伤认定结论，且该结论对仲裁裁决产生了影响，仲裁庭可能会根据新的认定结论重新作出裁决。

建议：用人单位在面对工伤认定结论时，应保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。