分公司是可以申请特殊工时的。以下是一些详细的信息和解释，希望能帮助您更好地理解：
首先，我们需要明确什么是特殊工时。特殊工时制通常包括不定时工作制和综合计算工时工作制。不定时工作制是指因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。而综合计算工时工作制则是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
接下来，我们来看分公司申请特殊工时的法律依据。根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条以及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时制的审批办法》（劳部发[1994]503号）的相关规定，企业（包括分公司）在符合一定条件的情况下，是可以申请实行特殊工时制的。这些条件通常包括：因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业；或者因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制等。
从您提供的两个参考信息中，我们也可以看到分公司申请特殊工时的实际案例。例如，龙岩宝泰农牧有限公司昆明分公司就成功申请了分公司负责人岗位实行不定时工作制，以及养殖场场长、场长助理、养殖技术员等多个岗位实行综合计算工时工作制。同样，中国石化销售股份有限公司四川遂宁石油分公司也为其高级管理人员、营销员等岗位申请了不定时工作制，为商品营业员、油气电站操作工等岗位申请了综合计算工时工作制。
在申请特殊工时制时，分公司需要注意以下几点：
确保符合申请条件：分公司需要仔细评估自身情况，确保符合劳动法及相关审批办法中规定的申请条件。
充分听取职工意见：在申请过程中，分公司应充分听取职工的意见和建议，确保职工的休息休假权利得到保障。
制定具体实施办法：分公司应根据自身情况制定具体的特殊工时制实施办法，明确工作、休息方式以及计算周期等关键要素。
遵守备案或审批程序：分公司需要按照当地人力资源和社会保障部门的要求，完成备案或审批程序，确保特殊工时制的合法性和有效性。
综上所述，分公司是可以申请特殊工时的，但需要确保符合相关法律法规的规定，并充分听取职工意见，制定具体实施办法，遵守备案或审批程序。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。