结论：工厂员工自动离职后，工资的扣除情况需结合法律规定和实际情况来分析，一般情况下，工厂不能随意扣除员工工资，应按员工实际出勤天数支付工资。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定层面
工资支付保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，员工自动离职后，仍有权获得其实际工作天数的工资。
可扣除的情形：
- 法定代扣项目：如个人所得税、社保个人部分、法院判决的抚养费/赡养费等，这些是可以从工资中扣除的。
- 合同约定或制度规定：若劳动合同或公司规章制度明确因自离造成损失（如招聘成本、培训费用等），且扣除金额合理（通常不超过月工资的20%），可能允许扣除。但需满足以下条件：
- 制度需经民主程序制定并公示；
- 损失与自离行为直接相关且有证据支持。
禁止性规定：
- 用人单位不得以“自离”为由全额扣发工资或收取违约金（除服务期协议或竞业限制约定外）。
- 罚款无法律依据，企业无权对员工进行经济处罚。
二、实际处理中的常见情形
工作交接未完成：
- 工厂可要求员工返岗完成交接，否则暂缓发放最后一个月工资，但需在合理期限内支付。
造成经济损失：
- 工厂需提供证据（如合同违约、客户索赔等），扣除金额不得超过实际损失且符合合理性原则。例如，若员工自离导致工厂损失了1000元的招聘成本，且这一损失与员工自离行为直接相关，那么工厂在扣除时，应确保扣除的金额不超过员工月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
企业恶意扣款：
- 员工可向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁主张补发工资及赔偿金。
三、工资计算方法
若工厂需支付员工自动离职后的工资，可按照以下方法计算：
日工资计算：
- 日工资 = 月工资 ÷ 月计薪天数（一般为21.75天）。
离职工资总额计算：
- 离职工资总额 = 日工资 × 实际出勤天数 + 加班工资（如有） + 奖金 + 津贴 - 相关扣除项（如法定代扣项目、合理损失赔偿等）。
四、建议操作
员工角度：
- 尽量通过书面方式（如邮件、快递）提交辞职申请，保留送达凭证。
- 若因紧急原因无法提前通知，可在离职后主动与企业协商工资结算事宜。
企业角度：
- 完善离职管理制度，明确自离后果（如暂缓发放工资直至交接完成）。
- 对自离造成的损失及时固定证据，避免事后争议。
总结：工厂员工自动离职后，工资的扣除需严格遵循法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。工厂应按员工实际出勤天数支付工资，并在必要时扣除相关费用，但扣除需有合法依据且合理。若双方就工资支付产生争议，可通过协商、投诉或劳动仲裁等方式解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。