您当然可以主张权利。针对您自家合法宅基地被邻居侵占多年的情况，以下是从不同角度为您提供的详细分析和建议：
一、法律背景与依据
宅基地使用权：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，宅基地属于农民集体所有，农民对宅基地仅享有使用权，而非所有权。这种使用权具有人身依附性和特定性，受到法律保护。
侵权责任：
- 邻居侵占您的宅基地，属于侵犯您的宅基地使用权，您有权要求邻居停止侵害、返还宅基地，并可能要求赔偿因此造成的损失。
二、主张权利的方式
协商解决：
- 首先，您可以尝试与邻居进行友好协商，明确宅基地的归属，并要求邻居停止侵占行为，返还宅基地。协商过程中，可以邀请村委会或相关调解组织参与，以促成双方达成和解。
行政投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的土地管理部门或乡镇政府进行投诉，请求他们介入调查并处理此事。土地管理部门有权对侵占宅基地的行为进行查处，并要求邻居返还宅基地。
法律诉讼：
- 如果行政投诉也未能解决问题，您可以向人民法院提起诉讼，要求邻居停止侵害、返还宅基地，并赔偿因此造成的损失。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明宅基地的合法归属以及邻居的侵占行为。
三、可能面临的挑战与应对策略
证据收集：
- 在主张权利的过程中，证据的收集至关重要。您需要收集宅基地的权属证明、邻居侵占的证据（如照片、视频、证人证言等）以及因此造成的损失证明等。如果证据不足，可能会影响您的主张效果。
诉讼时效：
- 虽然宅基地被侵占多年，但根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。然而，在宅基地纠纷中，由于涉及不动产的权属问题，诉讼时效的适用可能更为复杂。因此，即使时间较长，您仍然有权主张权利，但建议尽快采取行动以避免潜在的法律风险。
执行难度：
- 即使您赢得了诉讼，执行阶段也可能面临一定的难度。如果邻居不配合执行，您可能需要申请法院强制执行。在此过程中，您需要保持耐心并积极配合法院的工作。
四、建议与总结
保持冷静与理性：
- 在处理宅基地纠纷时，保持冷静与理性至关重要。避免与邻居发生冲突或采取过激行为，以免加剧矛盾并影响问题的解决。
寻求专业帮助：
- 如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。
及时行动：
- 宅基地纠纷涉及您的切身利益，建议尽快采取行动以维护自己的权益。不要因为时间较长而放弃主张权利的机会。
综上所述，您完全有权主张自家合法宅基地的权利。在处理过程中，建议保持冷静与理性，积极收集证据并寻求专业帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。