结论：借款合同到期后按照约定的每日千分之三的违约金是否合法，并非绝对，而是需要结合合同双方的约定、实际损失情况以及相关法律法规进行综合判断。如果双方有明确的约定且该约定未违反法律强制性规定，同时违约金也未过分高于实际损失，则可认为是合法的；否则，法院或仲裁机构有权对违约金进行调整。
从法律规定角度分析
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这一条款明确了违约金约定的合法性，并赋予了当事人一定的自主权。然而，法律也强调违约金应当与违约造成的损失相匹配，即约定的违约金不应过分高于或低于实际造成的损失。如果约定的违约金过高，违约方有权请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
具体来说：
违约金上限：虽然法律没有直接规定每日千分之三的违约金是否合法，但根据相关司法解释和实务操作，合同的最高合法违约金通常不得超过造成损失的百分之三十（也有观点认为是合理预见范围内的损失）。这意味着，即使双方约定了每日千分之三的违约金，如果其总额度远超实际损失，超出部分可能无法得到法院的支持。
特殊合同的限制：对于民间借贷合同，违约金、利息以及其他相关费用的总和不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。如果每日千分之三的违约金换算成年利率后远超这一标准，那么该违约金约定很可能被认定为过高而进行调整。
从合同约定角度分析
违约金的合法性首先取决于合同双方的约定。如果双方在借款合同中明确约定了违约金的计算方式和标准，并且该约定没有违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定收取违约金是合法的。这意味着，每日收取千分之三的违约金，在合同有明确约定且未违反法律的前提下，是可以被认可的。
但需注意：
明确条款：合同中应明确违约金的计算方式、支付条件及时间等，确保条款的清晰性和可执行性。避免使用模糊或歧义的表述，以免引发后续纠纷。
合理约定：双方在约定违约金时，应基于实际可能发生的损失和合同履行情况，合理确定违约金的数额或计算方法。避免约定过高或过低的违约金，以维护合同的公平性和有效性。
从司法实践角度分析
在司法实践中，判断每日收取千分之三的违约金是否合法，通常会综合考虑以下几个因素：
损失情况：法院会审查违约行为给守约方造成的实际损失。如果每日千分之三的违约金远高于实际损失，那么很可能会被认定为过高而进行调整。特别是在民间借贷等纠纷中，若违约金换算成的年利率远超司法保护的利率上限，调整的可能性更大。
合同履行情况：违约方的合同履行程度也会影响违约金的判定。如果违约方已经部分履行了合同义务，只是存在轻微违约，而高额的违约金会导致其承担过重的责任，法院可能会基于公平原则和诚实信用原则对违约金进行适当调整。
当事人过错程度：违约方的过错程度也是法院考虑的因素之一。如果违约是由于不可抗力或其他非主观故意的原因导致的，且高额违约金明显不合理，法院也可能会降低违约金数额。
综合建议
合理约定违约金：在签订借款合同时，双方应基于实际可能发生的损失和合同履行情况，合理约定违约金的数额或计算方法。避免约定过高或过低的违约金，以维护合同的公平性和有效性。
明确合同条款：合同中应明确违约金的计算方式、支付条件及时间等，确保条款的清晰性和可执行性。避免使用模糊或歧义的表述，以免引发后续纠纷。
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