结论：公司招聘司机时签订协议并收取保证金的行为，在大多数情况下是不合法的。

分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一条款明确禁止了用人单位在招聘过程中向劳动者收取任何形式的保证金或押金。

2. 保证金的不合法性：

   • 保证金通常被视为一种担保形式，旨在确保劳动者在履行劳动合同期间遵守公司规定或履行特定义务。然而，根据劳动合同法的规定，这种担保形式是不被允许的。用人单位应当通过完善的管理制度和合同条款来约束劳动者的行为，而不是通过收取保证金的方式。

3. 可能的法律后果：

   • 如果公司违反规定收取保证金，劳动者有权向劳动行政部门投诉。劳动行政部门将责令公司限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款。此外，给劳动者造成损害的，公司还应当承担赔偿责任。

4. 特殊情况考虑：

   • 尽管在大多数情况下收取保证金是不合法的，但也有一些特殊情况或特定行业可能存在不同的规定。然而，在司机招聘这一领域，通常没有例外情况允许收取保证金。因此，除非有明确的法律法规或行业规定支持，否则公司收取保证金的行为都是不合法的。

建议：

• 对于劳动者而言，如果遇到公司要求签订协议并收取保证金的情况，应当坚决拒绝，并向劳动行政部门投诉以维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，应当遵守相关法律法规，不得在招聘过程中向劳动者收取任何形式的保证金或押金。公司可以通过完善的管理制度和合同条款来约束劳动者的行为，确保劳动合同的顺利履行。

后续行动：

• 如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议和帮助。