结论：在《种子法》部分条款未明确设置没收违法所得的情况下，若相关违法行为同时违反了《行政处罚法》的规定，且符合没收违法所得的适用条件，行政机关可以依据《行政处罚法》的相关规定没收违法所得。

分析说明：

1. 法律适用原则：

   • 在我国法律体系中，当特别法（如《种子法》）与一般法（如《行政处罚法》）对同一事项均有规定，但特别法未涵盖一般法中的某些规定时，若该事项属于一般法的调整范围，且特别法未明确排除一般法的适用，则一般法的相关规定仍可适用。
   • 《行政处罚法》作为规范行政处罚行为的基本法律，其规定的行政处罚种类和适用条件具有普遍适用性。因此，在《种子法》未明确设置没收违法所得的情况下，若违法行为符合《行政处罚法》中没收违法所得的适用条件，行政机关可以依据《行政处罚法》进行处罚。

2. 没收违法所得的适用条件：

   • 根据《行政处罚法》的规定，没收违法所得是指将违法行为所获取的全部收益收归国库。这一规定适用于所有违反行政管理秩序且获取违法所得的行为，除非法律另有特别规定。
   • 在《种子法》未明确排除没收违法所得的情况下，若种子生产经营者实施了违反《种子法》的行为，并因此获取了违法所得，且该行为同时违反了《行政处罚法》的相关规定，则行政机关有权依据《行政处罚法》没收其违法所得。

3. 实践操作中的注意事项：

   • 行政机关在依据《行政处罚法》没收违法所得时，应确保该行为确实违反了《行政处罚法》的相关规定，且符合没收违法所得的适用条件。
   • 行政机关应依法履行告知、听证等程序义务，保障当事人的合法权益。例如，在作出没收违法所得决定前，应告知当事人拟作出的行政处罚内容及事实、理由、依据，并告知当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。
   • 若当事人对行政机关的没收违法所得决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于种子生产经营者而言，应严格遵守《种子法》等相关法律法规的规定，避免实施违法行为并获取违法所得。否则，不仅可能面临《种子法》规定的处罚，还可能因违反《行政处罚法》而被没收违法所得。
• 对于行政机关而言，在依据《行政处罚法》没收违法所得时，应严格依法办事，确保程序的合法性和正当性。同时，应加强对种子市场的监管力度，及时发现和查处违法行为，维护市场秩序和消费者权益。

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