经营种子未按规定备案，是否要没收违法所得，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据与规定
根据《中华人民共和国种子法》的相关规定，种子生产经营者应当按照国务院农业农村、林业草原主管部门的规定，向当地农业农村、林业草原主管部门备案。这是种子生产经营者必须履行的法定义务。若未按规定备案，则可能面临法律责任。
二、未备案的法律后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国种子法》第七十九条，违反本法第三十六条、第三十八条、第三十九条、第四十条规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府农业农村、林业草原主管部门责令改正，没收违法所得和种子；违法生产经营的货值金额不足一万元的，并处三千元以上三万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额三倍以上五倍以下罚款；可以吊销种子生产经营许可证：
- 从这一条款可以看出，未按规定备案的经营种子行为，确实可能面临没收违法所得的处罚，同时还会根据违法生产经营的货值金额大小，面临不同额度的罚款，甚至可能吊销种子生产经营许可证。
情节严重性的考量：
- 在实际执法过程中，行政机关会根据违法行为的情节严重性来决定具体的处罚措施。如果未备案的行为情节轻微，且未造成严重后果，行政机关可能会酌情减轻处罚，如仅责令改正而不没收违法所得或罚款。
- 然而，如果未备案的行为情节严重，如多次未备案、未备案的种子数量巨大或造成了严重后果等，那么行政机关很可能会依法没收违法所得，并处以较重的罚款。
三、实际案例与司法实践
- 在司法实践中，对于经营种子未按规定备案的行为，法院通常会根据具体案情和法律规定来判决。如果确实存在未备案的事实，且情节严重，那么法院很可能会支持行政机关没收违法所得的处罚决定。
- 同时，也有一些案例中，由于未备案的行为情节轻微或存在其他特殊情况，法院可能会判决减轻或免除没收违法所得的处罚。
四、建议与措施
严格遵守备案规定：
- 作为种子生产经营者，应当严格遵守《中华人民共和国种子法》的相关规定，及时向当地农业农村、林业草原主管部门备案，以避免不必要的法律风险。
积极配合执法检查：
- 如果遇到执法检查或调查，应当积极配合行政机关的工作，如实提供相关情况和资料，以便行政机关准确判断违法行为的性质和情节。
寻求法律帮助：
- 如果对备案规定或处罚决定有疑问或异议，可以及时咨询专业律师或法律机构，了解自己的权利和义务，并寻求合法的解决途径。
如有任何关于经营种子备案或相关法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。