是的，在基本农田上建厂房原则上必须拆除，但具体还需结合实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，基本农田是依法划定的不得占用的耕地，受到严格的法律保护。任何单位和个人不得在基本农田保护区内从事建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。因此，在基本农田上建设厂房，属于违法行为，相关建筑物原则上应当拆除，并恢复土地原状。
实际情况角度
虽然法律有明确规定，但在实际操作中，是否拆除还需考虑多种因素，如：
- 违法行为的严重程度：如果厂房建设对基本农田造成了严重破坏，或者建设行为本身具有明显的违法性，那么拆除的可能性就较大。
- 当地政府的执法力度和政策导向：不同地区对违法用地的处理力度和政策导向可能存在差异。一些地区可能更注重保护耕地资源，对违法用地行为采取更严厉的措施；而另一些地区则可能更注重经济发展，对违法用地行为采取相对宽松的处理方式。
- 厂房的用途和规模：如果厂房是用于农业生产或与农业相关的产业，且规模较小，对基本农田的影响相对较小，那么当地政府可能会考虑采取其他措施，如罚款、责令改正等，而不是直接拆除。
法律后果角度
如果厂房被认定为违法建筑并需要拆除，那么建设者将面临一系列法律后果，包括但不限于：
- 拆除费用：建设者需要自行承担拆除费用，包括人工费、材料费等。
- 罚款：根据违法行为的严重程度，建设者可能面临罚款的处罚。
- 恢复土地原状：建设者需要负责将土地恢复至原状，包括填平土地、恢复植被等。
- 刑事责任：如果建设行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，建设者还可能面临刑事责任的追究。
建议
- 立即停止违法行为：如果你已经在基本农田上建设了厂房，建议立即停止违法行为，并主动与当地政府相关部门沟通，了解处理方式和要求。
- 咨询专业律师：在处理此类问题时，建议咨询专业律师的意见，以便更好地了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。
- 遵守法律法规：未来在进行土地利用和建设活动时，务必遵守相关法律法规的规定，确保合法合规。
如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。