结论前置：非基本农田在符合特定条件并办理相关审批手续后，理论上可以用于建设厂房，但需严格遵守法律法规及地方规定，确保建房行为的合法性和合规性。以下是对此问题的详细分析：
一、可以建设厂房的情况
土地性质为集体经营性建设用地：
- 若非基本农田的土地性质已变更为集体经营性建设用地，并且符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，那么在这块土地上建设厂房是允许的。但需注意，集体经营性建设用地原则上不能直接用于建造自住房屋，而是用于工业、商业等经营性用途。
- 在此情况下，需确保已办理了农用地转用审批手续，并取得了合法的土地使用权证和相关规划许可证。
符合设施农用地要求（特定农业相关厂房）：
- 对于从事规模化种植、养殖等农业活动的，若需要建设必要的生产设施和附属设施（如养殖场的畜禽圈舍、温室大棚等），在符合设施农用地相关规定和审批程序的情况下，可在非基本农田上建设用于农业生产的房屋及设施。但这类厂房通常与农业生产直接相关，且需经过严格审批。
二、不可以建设厂房的情况
土地性质为一般农用地且未办理转用手续：
- 若非基本农田的土地性质仍为一般农用地，且未办理农用地转用审批手续，那么在这块土地上建设厂房是违法的。根据《土地管理法》的规定，农用地转为建设用地需要得到相关政府部门的批准。
不符合土地利用总体规划和城乡规划：
- 即便土地性质允许建设厂房，但如果所建设的厂房项目不符合土地利用总体规划和城乡规划，那么也是不允许的。土地利用总体规划和城乡规划是确定土地用途和建设活动的重要依据，必须严格遵守。
未履行其他相关程序：
- 除了农用地转用审批和规划许可外，建设厂房还可能涉及征地、供地等一系列程序。如果未履行这些程序或未取得合法的土地使用权证等相关证件，那么建设厂房也是违法的。
三、法律责任与风险提示
- 法律责任：未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建厂房的，将面临法律制裁。县级以上人民政府土地行政主管部门将责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋和其他设施，恢复土地原状。同时，还可能面临罚款等行政处罚。
- 风险提示：在非基本农田上建设厂房存在较大的法律风险。一旦被发现违法建设，不仅可能面临拆除和罚款等处罚，还可能影响企业的声誉和正常运营。因此，在决定建设厂房前，务必确保符合所有法律法规和规划要求。
四、实际操作建议
- 咨询当地部门：在考虑在非基本农田上建设厂房前，务必先咨询当地的自然资源部门或规划部门，了解清楚相关政策和规定。
- 办理审批手续：确保所建厂房符合土地利用总体规划和城乡规划，并办理好相关的用地和规划审批手续。这包括农用地转用审批、土地使用权证、规划许可证等。
- 遵守法律法规：在建设过程中，严格遵守法律法规和规划要求，不要擅自改变土地用途或进行违法建设。
总结：非基本农田在符合特定条件并办理相关审批手续后，理论上可以用于建设厂房。但需注意遵守相关法律法规及地方规定，确保建房行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需求，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和指导。